三清殿是平遥清虚观的主殿，座落在纯阳宫北，两建筑紧相贯连（见上图）。
三清殿于明万历年间重建，位居中院北面，面宽五间，进深九椽（一说十一椽），屋的顶式为单檐歇山。木作四檐斗拱五踩，补间一攒，内、外檐斗拱做法相同。拱眼壁上悬塑龙凤。殿顶琉璃方心、剪边。殿内梁枋间有“大明万历二十八年(1600)重修”题记。殿内神台上原有“三清真人”、“二十八宿”神像等泥塑，现已荡然无存，仅殿内西侧竖记述元代建殿蒙文碑一通。大殿东西两旁各筑有耳殿三间。中院东西各有配殿十一间，院中通道左右各建有小碑房一处。
三清殿给我留下最深印象是它的木构。元代木构特别是斗拱亦然雄大壮观。
在三清殿内竖立有一透灵神碑，原叫蒙汉碑，通高205厘米、宽90厘米、厚23厘米，为元代作品，距今已有七百多年的历史。
碑之正背两面都刻有文字、记录着成吉思汗的丰功伟绩，正面文字是用蒙古国初期沿用的八思巴文记录 ；背面是用汉文楷书对此碑正面记录的翻译 ，故称蒙汉碑。
此碑质地多玛瑙石沉积而成, 石碑表面光滑透亮，触摸凉爽，多有观光游览的善男信女用于接摸其上，顿感一股奇特的神仙灵气，这无疑是一种很好的精神慰籍,故俗称“透灵”碑。据专家考证 ，这种碑保存下来的现已屈指可数，它既是信奉者很好的精神依托，也是研究蒙古历史文化极其珍贵的实物资料。
三清殿后墙的旧物·古钟与老门
平遥博物馆石雕文物选
清虚观如今已建为平遥县博物馆，馆内藏有丰富的展品，有隋唐时代的佛头、罗汉头；明清时代的大型石屏；北魏时期的造像碑；有唐代铁铸佛头、宋代坐佛、金元毗卢佛；明清时代的寺庙供器；明代的二十余尊珍贵木雕像。
