字伯成，号留邨，山阴（今绍兴）舟山人，后入汉军正红旗。其父为吴执忠，早年作为礼亲王代善的幕僚，被授为头等护卫。
吴兴祚自幼聪颖，奋攻科艺，顺治七年（1650年）以贡生的身份授为江西萍乡知县。当时金声桓叛变，江西的郡县多被占领，唯有萍乡没有被占领。很快他被授为山西大宁知县。康熙十八年（1679年），迁移为山东沂州知州。不久以驿务迟误、对白莲教起义镇压不力之罪被罢，康熙帝二年（1663）降补无锡知县。在任内，清丈全县田亩，编号绘图，因田征赋，切行“摊丁入亩”。
因为打击海盗有成效，被授任福建按察使。为清廷收复郑成功所占厦门、金门等地。于1682年2月1日－1689年8月8日期间，奉旨接替金光祖担任广东广西总督。全名为“总督两广等处地方提督军务、粮饷兼巡抚事”的该官职，是兼辖广西地区的广东、广西两省之最高统治者，亦为清朝封疆大吏之一。
康熙三十五年（1696年），康熙帝亲征噶尔丹，吴兴祚随康熙帝效力，康熙三十六年（1697年）逝世。
吴兴祚平生工诗文，擅音律。著作有《宋元诗声律选》、《史迁句解》、《粤东舆图》等。《古文观止》的最终审定和序言均为吴兴祚。
吴兴祚《行书七绝诗轴》 台北何创时书法艺术馆藏
释文：画道分明画里来，参差亭榭小山□。春风吹遍花千树，半向游人倦后开。
款署：吴兴祚
钤印：吴兴祚（白文）、留邨（朱文）
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