LigPlot | 绘制蛋白质与小分子相互作用图

作者：石诚

来源：大科研小分享（Ai_Fen_Xiang2020）

内容概要

今天分享一个免费的可用于绘制蛋白质与小分子相互作用图的软件。

LigPlot +是原始的LIGPLOT程序的后继产品， 该程序用于自动生成2D配体-蛋白质相互作用图。它从直观的Java界面运行，该界面允许通过鼠标单击和拖动操作在屏幕上编辑图。

LigPlot +下载

LigPlot的下载需要使用学术邮箱进行注册（以下是注册地址：

https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/applicence.html）。

然后学术邮箱会收到一封邮件，可根据账号密码及下载链接，下载LigPlot

LigPlot +安装

使用Ligplot前需要安装java运行环境（Java SE Runtime Environment，安装包可公众号留言：JRE获取）

下载后可获得一个Zip文件，对其进行解压

然后进入LigPlus文件夹，点击LigPlus创建位于桌面的快捷方式，

接着可更改快捷方式的名称，使其显示为LigPlus或 LigPlot +。右键单击图标，然后选择“ 属性 ”选项。现在，单击“ 更改图标 ”按钮，然后使用“ 浏览 ”按钮选择图标文件：LigPlus / lib / images / ligplus.ico。最后，按两次“ 确定 ”，该图标应出现在桌面上。

最后可点击快捷方式进行运行。运行时会出现一个界面设置相关路径，该界面可以不用管，直接叉掉

第一部分是PDB文件路径，该部分的路径是在寻在pdb文件的时候去查询的目录

第二部分是Het组词典目录，该词典主要是为LigPlot 软件在处理配体分子的时候提供配体分子信息。主要包括原子名，连接信息，键连关系等。

第三部分是临时文件夹目录，该文件夹是用来存放LigPlot 软件在使用过程中用到的临时文件。在LigPlot 软件退出的时候会自动删除该文件夹下的内容。

第四部分是RasMol软件的路径，方便互相调用。

第五部分是Pymol软件的路径。

以上解释参考青松美光的博文

LigPlot +使用

打开PDB并选择PDB文件

选择配体，点击Run

输出图片后可移动残基或者原子，当前选择为移动残基

也可更改图片的相关属性，如是否显示Label等。或者更改氨基酸颜色

这里我修改一下显示的要素

最后可导出矢量图，通过ps进行修改及输出