如何用BLAST来预测lncRNA相关的miRNA

我叫林平之，是莫愁师姐的师弟。最近小师妹骨头总是很烦，前几天看到了怎么样找靶基因相关的miRNA，她就找了一下STAR base上的相关内容。

但是，结果是：

对，啥都没有。当然啥都没有啦，第一基，因名（Symbol）没写对；第二，这数据库也未必全啊。下面林师兄要告诉你如何正确搜寻LncRNA相关的miRNA。

首先打开Blast，然后，输入lncRNA的序列，接着在下面，加上“micro RNA”这个关键词。

好了，可以搜了，对了，还记得要选“somewhat similar”。

结果出来了，miRNA638和这个lncRNA能结合。

莫愁：你这纯粹是碰运气，基本上是不能用BLAST来搜靶基因的。用类似BLAST的方法倒是可以，比如登陆到PITA（http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_exe.html）选择“Predict your UTR”，然后输入lncRNA全长。

结果却是可以显示预测到的miRNA。

同样，在MIRDB4.0上（http://mirdb.org/miRDB/index.html），选择“Custom Prediction”，输入lncRNA全长。

也可以预测到miRNA。

最后把这三种结果比对一下，你会发现：

好吧，还真的都是大不一样，不过预测总不能说绝对有那么回事啊。我每次也预测彩票号码来着，这序列的总要准一点吧。

…华丽丽的分割线…

李莫愁博士：当然lncRNA作为miRNA Sponge，好像还没退烧，不过由于真的没有很多实验能对其验证，所以，这个机制还真的是有点模棱两可。不过如果你实在对这个有一些自己的想法，倒不妨试试看呢。好了，今天就策到这里吧。