我叫林平之,是莫愁师姐的师弟。最近小师妹骨头总是很烦,前几天看到了怎么样找靶基因相关的miRNA,她就找了一下STAR base上的相关内容。
但是,结果是:
对,啥都没有。当然啥都没有啦,第一基,因名(Symbol)没写对;第二,这数据库也未必全啊。下面林师兄要告诉你如何正确搜寻LncRNA相关的miRNA。
首先打开Blast,然后,输入lncRNA的序列,接着在下面,加上“micro RNA”这个关键词。
好了,可以搜了,对了,还记得要选“somewhat similar”。
结果出来了,miRNA638和这个lncRNA能结合。
莫愁:你这纯粹是碰运气,基本上是不能用BLAST来搜靶基因的。用类似BLAST的方法倒是可以,比如登陆到PITA(http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_exe.html)选择“Predict your UTR”,然后输入lncRNA全长。
结果却是可以显示预测到的miRNA。
同样,在MIRDB4.0上(http://mirdb.org/miRDB/index.html),选择“Custom Prediction”,输入lncRNA全长。
也可以预测到miRNA。
最后把这三种结果比对一下,你会发现:
好吧,还真的都是大不一样,不过预测总不能说绝对有那么回事啊。我每次也预测彩票号码来着,这序列的总要准一点吧。
…华丽丽的分割线…
李莫愁博士:当然lncRNA作为miRNA Sponge,好像还没退烧,不过由于真的没有很多实验能对其验证,所以,这个机制还真的是有点模棱两可。不过如果你实在对这个有一些自己的想法,倒不妨试试看呢。好了,今天就策到这里吧。
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