如何用二代测序数据库来验证挖到的芯片

我叫骨头，是实验室的菜鸟，最近学会了用师兄师姐教我用的G神器来分析挖掘芯片了（不知道就点这里）。感觉一器在手，课题我有一样。但是感觉再怎么样也都是别人的芯片，会不会直接抓过来就用，会有问题呢？

杀姐姐：这个问题很简单呀，芯片挖掘出来的结果，再用二代测序验证一下就行了啊。这个郭大侠上次教过你可视化的测序结果数据库的哦！

首先去Arrayexpress上荡一个芯片下来（不懂可以看这里），比如这次我搜了一个肺癌的。

然后用G神器打开：

然后分析：

分析的结果可以发现，我们找到大量的差异基因，但是这些差异基因，是不是在别的测序中有表达差异，那我们就打开ENCODE的数据库来验证一下吧（不知道的点这里）。

点击进入后进行把芯片结果里差异基因输入，然后分析一下，我们输入一个AGER：

然后选择肺相关的RNA-Seq结果，有细胞和组织的：

由于芯片中的AGER是在Normal中高表达的，所以在肺组织中表达量较高，下面的NCI-H460是肺癌的细胞系中表达量就稍微差一点点。

于是我们把芯片分析掉转一下，看看肺癌中高表达的基因：

可以看到第一位的是SPP1，我们就再输入一下：

可以看到很明显，SPP1的RNA量在肺癌细胞系中比较高。

…华丽丽的分割线…

李莫愁博士：芯片挖掘到的数据，用测序数据库验证一下，其实还是比较简单的，但是，要考虑到测序的结果也只是一个提示，有差异并不代表实验能在你的实验结果中100%能得到重复。通过筛选获得结果，可以排除一些不必要的基因，为进一步的验证节省时间。最终，还是需要你自己来用实验验证你的结果。什么？啥实验？用柯霍氏法则来进行验证呀，做敲减回复实验啊，等等等等，都可以。今天就先策到这里吧。