科研老司机的套路哲学（七）

作者：解螺旋. 子非鱼

如需转载请注明来源：解螺旋·医生科研助手

生命中存在种种因果关系

也许都可简单粗暴的归因于基因

然而就算是拥有相同遗传背景

并不意味着拥有平等的人生了

表观遗传学带来的“获得性遗传”

使得一切成为可能

因此成为科研界中的“耀眼明星”

 

而在如火如荼的表观遗传学研究中

DNA甲基化可谓是独占鳌头

简言之，DNA甲基化就是

将胞嘧啶（cytidine,C）的嘧啶环上

第5位碳原子加上甲基基团（-CH3）

甲基化一般发生在CpG岛（CpG island）

CpG岛通常与基因的启动序列区域相关

正常情况下，CpG岛内的位点通常处于

非甲基化状态，可开启基因表达

而CpG岛外的位点通常是被甲基化的

DNA甲基化就是拨动基因开关的隐形之手

它就相当一把锁，

凡是被甲基化的DNA

均是需要被“尘封”、“监禁”的基因

如基因组里的“捣蛋鬼”—转座子

一旦这把锁被意外打开

这些捣蛋鬼就会将基因组搞得一团糟

从而导致身体出现诸多问题

如肿瘤、精神疾病等

想来，大多数科研汪都对它垂涎已久

其实甲基化研究没那么难

将SNP与甲基化结合已成为

该领域中常用的科研套路

这篇IF>10分的文章

可让苦于无从下手的小伙伴们

依样画葫芦，一解燃眉之急

另外，随着高通量测序技术（NGS）的发展

DNA甲基化测序也成为了

破解“基因之锁”的利器

然而，由此衍生出DNA甲基化测序方法

有千千万万种

反而让眼花缭乱的小伙伴们

不知道该如何选择

小鱼整理出了最常见的10种测序方法

供大家参考

另外，小鱼也为大家推荐三类

DNA甲基化数据分析工具

第一类：基于引物设计功能的软件

主要是针对重亚硫酸盐序列进行甲基化特异性PCR（methylation-specific PCR, MS-PCR or MSP）和重亚硫酸盐测序（bisulfite sequencing, BS）引物的设计。

 

#1：MethPrimer（甲基化PCR引物设计经典软件）

网址：http://www.urogene.org/methprimer