昨天我们从两篇Hepatology聊到了面上的科学假说。今天咱们换个思路，依旧看这两篇文章：知道了HULC在HCC中高表达后，如果换做我们自己来做后续的研究，可以怎么样思考。
LncRNA HULC modulates the phosphorylation of YB-1 through serving as a scaffold of ERK and YB-1 to enhance hepatocarcinogenesis.( Hepatology. 2016 Dec 27. )
HULC并不能算是一个很新的分子，最早报道于2007年的Gastroenterology杂志：
近两年关于HULC的研究报道也逐年增加。所以，我们也可以看出，无论分子新或是旧，能发高分文章的依然能发高分文章。所以，如果我们不看这两篇文章，说不定能构思出一篇Cancer Cell呢？
你想得到挺好，嘿嘿
开始：HULC定义为一条在HCC中上调的lncRNA。按照常规思路，既然HULC在HCC中高表达，是不是该分子通过靶蛋白促进了肿瘤进程呢？毫无疑问，先做个RNA pulldown/MS，发现了有好多的结合蛋白。
结合预测结果，取交集选出一些候选蛋白分子。这些分子中，包含了YB-1、IGF2BP1、ERK。同样是RNA结合蛋白，怎样考虑lncRNA与之之间的上下游关系呢？这还得从分子间的调控关系来阐述。
要确定分子的上下游关系，最常用的做法是从表达上着手：
A、分别干扰或过表达HULC、YB-1，分别确定YB-1、HULC的表达变化；
B、以及分别干扰或过表达HULC、IGF2BP1，分别确定IGF2BP1、HULC的表达变化。
最终的结果与延伸分析：
A、干扰或过表达HULC对IGF2BP1的表达无明显影响，而干扰或过表达IGF2BP1则能显著影响HULC的丰度。结果表明，在这条调控通路里，IGF2BP1是处于HULC的上游。
接下来的实验是，在HCC（IGF2BP1+）细胞中，下调CNOT1的表达，确定HULC的丰度同样被回复。结果确定，IGF2BP1通过CNOT1来调控HULC的表达。
B、干扰或过表达HULC或YB-1，对YB-1或HULC表达无明显差异。很多时候，我们发现它们之间无表达调控就觉得它们之间无调控关系，其实除了表达调控外，分子间还有活性调控。
之前小张聊过，看功能选分子。HCC发生发展过程中，一些公认的肿瘤相关蛋白，如细胞周期相关蛋白、基质金属蛋白酶等表达均已上升。前期已有报道，YB-1是mRNA翻译沉默机制的关键主件。那么，我们在HCC细胞中，下调YB-1的表达，确认细胞周期相关蛋白、基质金属蛋白酶的高表达已被逆转了。
同时，多个报道发现YB-1的磷酸化能抑制YB-1形成mRNA翻译沉默复合体，阻遏mRNA翻译沉默机制的进行。
那么结合上面的实验结果HULC是否通过磷酸化YB-1来实现调控作用的呢？我们通过YB-1（P）特异性抗体进行检测，发现在HCC中，YB-1（P）的水平要显著上升，且前期报道ERK可以磷酸化YB-1。
在开始筛候选分子的时候，已经表明EKR、YB-1能与HULC结合，那么是否由HULC介导了YB-1的磷酸化水平呢？干扰掉HULC后，YB-1（P）显著降低。这表明，HULC拉取了EKR，促进了YB-1的磷酸化。
综上：在HCC中，IGF2BP1的低表达降低了CNOT1对HULC的降解作用，使得后者在细胞中的丰度得以提升。随之，HULC通过拉取ERK和YB-1，提高对mRNA翻译沉默核心组件YB-1的磷酸化作用，迫使细胞内抑制肿瘤蛋白翻译沉默机制受到了阻遏，提升了肿瘤蛋白Cyclin D、E；MMP11等表达，促进了肿瘤进程。
王红阳院士的一篇讲过N次的Cancer Cell：
下游：苏尼替尼耐药RCC细胞中，lncARSR通过竞争性结合miR-34、miR-449，上调AXL、c-MET表达，激活STAT3、AKT、 ERK通路，从而使得RCC细胞耐药。另外，激活AKT能诱导FOXO1、FOXO3a磷酸化及降解，其结果导致lncARSR在转录上去抑制，从而形成了一个正向反馈回路；
上游：hnRNPA2B1携带ARSR进入外泌体实现功能传递。
hnRNPA2B1携带ARSR进入外泌体，被受体细胞摄入，随后ARSR被释放，吸附miR-34、miR-499，促进AXL、c-MET表达，激活STAT3、AKT、 ERK通路，从而使得RCC细胞耐药。
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