Cytoscape新手看过来!

分享生物信息分析的使用方法、软件、数据库，分析思路

Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。Cytoscape的核心是网络（图），其中的节点（node）是基因、蛋白质或分子，其中的连接则是这些生物结构之间的相互作用。其最强大的功能还是用于大规模蛋白质--蛋白质相互作用、蛋白质--DNA和遗传交互作用的分析。

通过Cytoscape，你可以在可视化的环境下将这些生物网络跟基因表达、基因型等各种分子状态信息整合在一起，还能将这些网络跟功能注释数据库链接在一起（可以通过插件架构进行扩展，开发新功能）。

让我们一起来探索吧！

1）安装

从http://www.cytoscape.org/网站下载软件(最新版本：3.4.0 ，Java8)，软件得用java，所以要装JRE。请根据电脑的操作系统版本选择正确的安装软件。

2）运行

可以选用软件下载时自带的sampleData文件下的数据进行测试。数据背景信息介绍如下：Gal1、Gal4和Gal80都是酵母转录因子，在相互作用网络里分别对应YBR020W、YPL248C和YML051W。相互作用有两种类型：protein-protein (pp)和protein-DNA(pd)。表达量信息分别是Gal1、Gal4和Gal80的表达异常情况下的值。galFiltered.csv是互作网络文件，galExpData.csv是表达量信息（属性）文件。现在我们要看这三个转录因子表达异常影响到的基因。

a) 数据文件导入

互作网络数据文件按照File → Import → Network或者使用快捷键导入，之后按照要求导入互作网络数据文件；属性文件按照File → Import → Node Attributes或者使用快捷键导入，快捷键导入文件如下图所示：

b) 调整node显示

c) 调整node填充色（基于基因表达量）

d) 调整node形状（Pvalue）

e) 过滤数据（基于互作关系）

f) 结合目的选择：

i. 点击选中3个核心基因（Gal1、Gal4和Gal80）；

ii. 进一步选出与核心基因相关的周边点和边（Frist Neighbors of Selected Nodes），单独显示被选中的点和边；

g) 导出图片

位图：jpg和png，矢量图：pdf和svg。