分享生物信息分析的使用方法、软件、数据库,分析思路
从http://www.cytoscape.org/网站下载软件(最新版本:3.4.0 ,Java8),软件得用java,所以要装JRE。请根据电脑的操作系统版本选择正确的安装软件。
可以选用软件下载时自带的sampleData文件下的数据进行测试。数据背景信息介绍如下:Gal1、Gal4和Gal80都是酵母转录因子,在相互作用网络里分别对应YBR020W、YPL248C和YML051W。相互作用有两种类型:protein-protein (pp)和protein-DNA(pd)。表达量信息分别是Gal1、Gal4和Gal80的表达异常情况下的值。galFiltered.csv是互作网络文件,galExpData.csv是表达量信息(属性)文件。现在我们要看这三个转录因子表达异常影响到的基因。
互作网络数据文件按照File → Import → Network或者使用快捷键导入,之后按照要求导入互作网络数据文件;属性文件按照File → Import → Node Attributes或者使用快捷键导入,快捷键导入文件如下图所示:
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