生物医学大数据解读和分析——构建生物网络案例实践Cytoscape（三）

Freescience由浙江大学医学院几个硕博士发起创建，旨在最广泛分享有价值的科研技能和知识；FreeScience的宗旨：“科学自由分享、人人平等，共求真理”。

上期介绍了一个简单的String查找蛋白互作的工具（复习一下点这里），这期将用到我们的神器Cytoscape了，本期将介绍如何将String的蛋白互作数据下载到Cytoscape本地中。

1.下载Cytoscape，http://www.cytoscape.org。

下载与操作系统匹配的版本（支持Mac OS X、Windows 64bit、Linux），下载后安装过程与常规软件相同。

2.在Cytoscape中下载StringAPP 。

3.点击安装StringAPP。

4.安装完毕后，回到文件>输入>网络>公共数据库

5.选择string数据库，以基因或蛋白输入

 
6.以TP53为例，选择score为0.1，连接的基因最大为100个。这个根据用户需求设定。

7.并且在已构建好的网络中可以扩展新的连接蛋白数或者重设confidence score来调整网络大小。

    
这样构建的网络就下载到本地的Cytoscape中，可以随意编辑网络，查看和保存信息。通过以上两期我们解决了蛋白互作数据库的问题。

下期将继续还原文献” Identification of breast cancer candidate genes using gene co-expression and protein-protein interaction information ”中的TCGA数据下载问题。

FS数据挖掘主编

赵忻艺，将大数据应用于医学科研，主要包括临床医学数据的挖掘、收集、整理和利用（标准化和科学化的数据库），医学分子大数据的整理、利用及研究（基因、蛋白及代谢）。特别针对肿瘤个体化的基因测序和数据快速处理，寻找个体化的分子标志物、药物靶标和治疗方案。目前，已建立浙大大数据挖掘团队，旨在降低研究者学习大数据的门槛，推动大数据共享与研究协作，发表更高质量的研究成果，为科研决策提供精准的预测和实验证据。