作者：子非鱼（转载请注明：解螺旋·医生科研助手）
研究microRNA时，自然少不了高通量筛选验证以及功能分析。至于后者，除了microRNA（敲除/过表达）引起的生物学表型外，可能大家会去寻找microRNA结合的生物分子（靶mRNA及ncRNA）以及相关的信号通路。然而，实验的方法总是耗时费力，那么本文推荐四款功能分析神器帮大家在比较短的时间里，多快好省地找到这些生物分子及相关通路。
miRNA基本结构分析神器：YM500v2
数据库YM500v2（http://ngs.ym.edu.tw/ym500v2/index.php）可帮助大家对筛选验证的miRNA有个具体的认识，其界面打开后可看到六个功能模块，如下图所示：
已知miRNA表达水平查询
第一个功能模块提供了四种查询方式。
其中，1）单个miRNA表达查询最为简洁，分别提供了该miRNA在不同种类组织里面表达水平及表达量分布等信息。
2）多个miRNA表达查询需要选择标本类型（可多选），查询返回的是样品来源类型及表达量信息，点击next按钮之后会自动画出热图及提供表达水平量数据的下载。
点击改图下方的expression按钮，则可得到热图。
3）按照miRNA聚类查询是以候选miRNA作为中心选择100Kb以内的miRNA作为候选集合，然后进行多个miRNA查询。特定区域miRNA表达查询和前面的类似，在这里就不详细讲述了。
新miRNA的预测
该模块可以提供依据序列或者基因组位置信息进行预测，预测方法是基于miRDeep2，Mireap和miRanalyzer三个软件，只要有一个预测到就会显示出来。此外点击UCSC等数据库链接还能看到序列在基因组的情况。
miRNA异构体分析
以hsa-miR-21-5p为例进行搜索。
查询结果如下：
里面包括了具体的miRNA编辑位点及基于测序reads的支持情况，还有简并碱基情况。点击每条异构体会提供表达量分布及每个样品表达水平等详细信息（以下划线的异构体为例）。
5’和3’miRNA搜索
搜索之后返回同一条miRNA前体产生的两条不同miRNA差异表达情况，不同颜色的点代表不同类型的样品，在蓝线之外的就是具有差异表达的样品。
组间miRNA差异表达比较
选择两个group样品类型及填写邮箱信息，然后提交任务即可。任务完成之后会邮件通知分析完成，打开邮件链接即可看到分析结果（数据只能保存7天），并且所有分析结果都可以下载。
miRNA功能分析神器：miEAA
而后如果我们需要分析这些microRNA的功能、信号通路、疾病等进行分析，可以用今天介绍的网站miEAA（https://ccb-compute2.cs.uni-saarland.de/mieaa_tool/）。
其页面打开如下，点击Run MiEAA选项，则可以进入microRNA动能分析的第一步。
点击submit后进入第二步，此时一般选择GSEA模式。
同样提交后，进入第三步上传miRNA列表。
在第四步中，可选择要分析哪些内容，选项分别是器官、通路、疾病、GO分析、染色体定位、物种保守性、靶基因、文章发表的疾病研究、年龄性别和免疫细胞。P值矫正方法选FDR（或者其它），下面0.05和2不变，提交后就等结果了：
其分析的结果如下图所示：
点击annotations，可查看以下结果：
miRNA靶向基因及ncRNA预测神器：StarBase
Starbase（http://starbase.sysu.edu.cn/index.php）是个交叉预测网站，既可以通过靶基因预测microRNA也可以通过microRNA预测靶基因。其界面如下：
根据microRNA找mRNA靶点
点击进入如下设置界面，并对miRNA类型、筛选严格程度、肿瘤类型数目进行选择后，点击search按钮。
预测到了1837个mRNA，而后点击第一个基因的CancerNum，可看到以下结果：
同时也可以看到microRNA和mRNA的表达相关性：
根据microRNA找ncRNA
会遇到相同设置界面，进行相关选择后，点击search按钮。
在结果中，点击TargetSites和CancerNum,可出现以下结果：
miRNA信号通路研究神器：miRPathDB
数据库miRPathDB（https://mpd.bioinf.uni-sb.de/overview.html）可查询参与通路内调控的miRNAs，包含了人、鼠两类数据。
miRNA结合不同位点相关的通路
点击miRNAs后，可看到数据库中收录的2590多条miRNA相关信号通路信息。
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