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通过测序短平快地发文章,好不好?

2017-02-24

随着高通量测序技术在我们科研工作中的普及,其角色定位也在发生变化,从一项高大上技术正在慢慢变为像WB一样的常规技术,手里有测序数据的老师或同学也不在少数。不过,在与大家交流这些数据使用的时候,小张有一些想法,下面就抛砖引玉说一下,欢迎大家留言。

关于测序数据的用法,大部分朋友对测序数据的使用方式是:通过测序数据直接发表文章,这是最短平快的出文章的方法,而且实验分组最常用的就是:疾病组加正常组,或者疾病组加药物干预组,通过转录组测序检测最新的分子表达谱(最新的分子以前是miRNA,后来是lncRNA,现在大家认为circRNA才是新的,当然也包括蛋白组学,代谢组学等等),后面再加相应的验证,目的是抢一篇在某个研究疾病或者主题中第一次报导分子表达的文章,由于比较简单,因此文章的分数一般不会太高,能过3分就不错了,当然分数高低不能一概而论,要看样本量和实验结果,以前Plos One就常发这样的文章,大家已经看到近几年Plos One的影响因子变化了。小张这里的意思不是说这样“高通量+简单验证”的模式不可以,相反,对于刚刚入门学习基础科研的同学来说,是完全可以用这种套路的,有文章总比没有好吧。

可是,我们也说过,这种模式需要“抢”,也就是说在miRNA刚开始火起来的时候,我们做miRNA芯片抢发一篇胃癌miRNA表达谱的文章,再发一篇胃癌lncRNA表达谱的文章,再来一篇胃癌circRNA表达谱的文章,我们需要跟同样做胃癌的全世界的同行抢时间发文章,尽管做胃癌可以有很多主题,但是同样在发这样文章的同行仍有很多,因此这样的思路第一个问题就是:文章常被抢发,失掉创新性

我们常常听到有人说:现在做miRNA已经不热了,做lncRNA也快过时了,要做circRNA才是最热的,可能过段时间又出来一个新的“热点”,我们再去追这个“热点”。可是,真的是这样的么?miRNA不热了,为什么2017年CNS上还有5篇文章发表呢?从基金来看,仅2017年,医学部以及生命学部就有686项关于miRNA的申请获得了国家自然科学基金委员会的资助,合计资助金额近2.5亿元:

所以,我们永远都跟在所谓的”热点“后面浅尝辄止,等自己申请基金的时候才发现:自己的研究根本没有主线和延续性,东一榔头西一棒子,到底自己的研究领域是什么?我们自己都说不清楚,对比一下科研大牛,人家都是有明确的研究领域的。对我们大部分人来说,细分才能专业。

最后,由于芯片或者测序以及其它的组学检测结果一般都是让公司来做,大部分的数据分析是公司完成的,当我们拿到包括了N多文件夹和图表的报告的时候,看懂数据、使用数据都是问题,因此实验技术的偷懒带来的第三个问题就是:我们的科研思维和科研能力并没有提升

综合当前三个问题结合到一起,我们要面临的问题是:本来想通过测序这种短平快的方式抢先发表文章的,现在类似的研究已经发表几篇了,而我们面对着手里的数据不知所措。

总结一下,我们要说的是:在测序技术慢慢成为常规技术的时代,通过用新技术或者新分子这种追热点的方式可能帮我们发表甚至“刷”文章,但是我们真正需要解决的是培养科研思维和能力,这种能力才是“以不变应万变”的上上之策。

大家用这种“短平快”策略的苦衷小张是很清楚的,说这些只是希望大家能够有所思考,有空的可以看一位美国老太太Barbara McClintock的研究(https://en.wikipedia.org/wiki/Barbara_McClintock),看看从境界上我们离诺奖获得者有多远。

That's all. Thank you!

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