基因表达量:检测基因表达量的芯片一般针对某个基因的的所有转录本设计探针,经过对每个探针信号的算法,得到整个基因的表达量,经常听到的表达谱芯片就属于这一种。
转录本表达量:针对每个基因不同转录本设计探针,除了分析基因表达量之外,还可以单独分析每个转录本的表达量(那就可以用来研究大热的可变剪接啦)。据小编所知,目前能做到这一点的,只有Affymetrix的HTA(新一代叫做Clariom)系列的芯片。
选择1:大家是想找机制,还是找一个研究的靶标?
机制简单说来就是找变化的信号通路,而目前我们研究的信号通路基本都是由编码基因组成的,因此选择芯片的时候,只需要基因表达谱就可以了。
选择2:找靶标,那是编码基因呢,还是非编码呢?
编码基因同上就好。上一篇文章也提到了,编码基因一直都是研究的主流,因此芯片价格也相对较低,性价比非常高。
但发文章的热点也是可以追一追的,说不定就成了明星(CNS)同款了呢。非编码的话,根据研究的对象主要分为两种miRNA,lncRNA。miRNA因为片段短,会有专门的探针设计方法,常常是独立成一款芯片的。而lncRNA,因为它的机制最终也归结到调控编码基因的表达,因此像Affymetrix之类的生产商就将它和编码RNA放在了一张芯片上,一次性就可以搞定两种,还可以研究它们相互之间的表达调控关系,非常的方便。
人、大小鼠等模式生物,编码基因基本都已经发现了,因此不同厂家的芯片检测的基因是差不多的,就是那么20000多个。但LncRNA相对而言是新东西,近几年成了热点之后才有了一个大爆发,发现了很多新的lncRNA分子,因此选择芯片的时候,一个很重要的问题就是探针设计及注释来源的数据库新不新了,如果还是好几年前的lncRNA芯片,那可能就会错失很多有意思的东西啦。
芯片选择的技能点,大家get到了吗?
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