这年头搞研究,都希望自己做的基因越重要越好,能和表型有关联当然更是棒棒哒!
但是现在大家研究的基因和疾病千差万别(光cancer就有好几十种吧),除了埋头苦查文献外,还有什么好办法呢?
我们还可以查查TCGA/ICGC等数据库! 但是,我不会编程怎么办?
当当当!给大家推荐一款好用的工具cBioPortal,不需要懂编程,不需要懂编程,不需要懂编程,,,,重要的事说三遍!
打开你的浏览器(建议火狐或者Chrome浏览器),访问:http://www.cbioportal.org/,找到主页上红框的地方:
在里面输入您感兴趣的基因,比如AKT1,然后点击下面灰色的按钮“Submit'。
注意要输入标准的基因名,如果你输入的基因名是对的,那么就会有上面一个红色框中的文字“All gene symbols are valid”。
然后出现了什么,一张酷炫的图!这张图显示了这个基因在各个cancer中各类遗传变异的概况!
如果我们关心的是表达量,那就点击这个图片上方多个tab里的一个“Expression”。
怎么样?高低表达是否一目了然,横坐标是肿瘤类型,纵坐标是表达量的差异值。
看到这里,您是否还想学习更多?想不想学习如何下载TCGA数据?学习如何分析使用其中的突变、表达量和生存曲线数据?想不想学习如何处理自己的二代测序数据?
在此安利一下3月24日即将在上海交大医学院开班的第四期《肿瘤生物信息学培训班》,由宇道生物主办,上交大医学院生信中心承办的培训班,讲课老师来自交大医学院、上海生物信息学中心、上海高研院和上海儿童医学中心。
讲课老师均为教授以及一线的生信分析人员,很多讲师自己独立发表过10分以上的生信文章!与其他由公司员工讲课的培训班不同,本培训班主要以教授生物信息学分析技巧和思路为目的,绝对没有推销喔!
亮点如下:
(1)高分经典文章,如NAR,AJHG的文章实例讲解!
(2)小班教学,手把手教分析和作图!
(3)课程经过2016年一整年的磨炼,思路连贯,安排合理!绝不是强行拼凑热点,东一块西一块的“膏药式”课程;)
课程安排如下:
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