摘要
TFmiR是一个整合分析TF、miRNA、target genes间互作的免费的web server,这三者都与疾病发病机制相关。细胞内在运作依赖于一个极其复杂的激活抑制系统的正确运作，其可能受许多方式的扰动。TFmiR有助于从网络的分子层面更好的阐述细胞机制。 TFmiR提供拓扑性质及功能的分析，使得其在生命科学领域中对研究者而言成为可信的系统生物学工具。
service.bioinformatik.uni-saarland.de/tfmir
TFmiR揭示TFs与miRNAs间疾病特异的共调控网络,并且对网络中TFs/genes and miRNAs进行over representation analysis (ORA) 。我们的web server也能挖掘miRNA、TF及其共靶向基因的FFL(TF–miRNA co-regulatory motifs)，并对他们共调控的基因进行功能相似性的统计学评估。
此外，TFmiR利用7种不同的方法识别key network players，他们可能驱动致癌过程并可能是潜在的药物靶标。特别的，结合实验验证，这些推定的key players以及新的TF–miRNA coregulatory motifs可能为人类疾病治疗方法提出新的见解。
具体使用方法：
大体上分为四步：
1. 输入用户自定义的miRNA和mRNA集合，可以是发生差异表达或者满足其他筛选标准的集合。
2. 设定阈值，与哪种疾病相关，相关标准选择exprimental，predicted，both
3. 鼠标点击运行即可接下来就可以分析结果了。
4. 结果首先展示疾病的特异网络，只含有疾病相关基因的节点和边的关系；另外一个就是全局的大网。
接下来按节点之间的互作关系分别研究
选择其中的一种互作关系
Interaction里边包含了互作的miRNA-gene对；ORA分析显示了显著富集GO term，KEGG等term的结果；最后是通过网络挖掘出的motif分析。
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