研究motif的平台介绍

MEME Suite tools总述：

MEME Suite网站提供了一个统一的平台，该平台的用途是发现和分析序列motif。

MEME Suite tools组成：

工具介绍：

MEME、GLAM2：寻找motif的软件。GLAM2的优势在于其所找到的motif可以有gaps。

TOMTOM：在已知的motif数据库中寻找相似的motif。

FIMO、GLAM2SCAN、MAST：在序列数据库中寻找occurrences of motifs。

注意：TOMTOM、FIMO、GLAM2SCAN、MAST这些软件的基础输入数据都是MEME找到的motif的形式。

MEME Suite tools分块儿介绍：

一、 寻找motif

所用方法：MEME、GLAM2

  MEME优点是可以找到DNA或蛋白质的motif；缺点是不能找到gapped motifs（也就是序列中有插入和缺失的现象）。

  GLAM2优点是可以找到gapped motifs。

  注意：由于这两种方法不能自动校正所找到的motif 宽度，而且一般找到的DNA和蛋白质的motif宽度都要小于默认值50，所以在计算时会将范围调整至10-20，所调整参数为maximum。

二、 将所找到的motif与已知motif数据库进行比较

  所用方法：TOMTOM

  该方法是定量化的比较两个motif之间的相似性。该方法可以在已知motif数据库中进行搜索，找到与我们发现的motif相似的已知motif.

  TOMTOM的结果如下图所示：

三、 DNA motif的功能注释

  所用方法：GOMO

  注意：所使用的GO terms的数据库不是我们使用的gene oncology

四、 在序列数据库中搜索与motif相似的序列

  所用方法：FIMO、GLAM2SCAN、MAST

  FIMO和MAST适用于MEME所找到的motif，GLAM2SCAN适用于GLAM2所找到的motif。

  （1）使用者既可以使用MEME suite网站上提供的序列数据库也可以上传自己的序列（FASTA格式）

  （2）FIMO找到所有在阈值范围内与query motif相似的序列。GLAM2SCAN给出的结果与FIMO类似

  （3）MAST找到的是在阈值范围内与query motif最相似的一条序列，结果如下图，其中C图是给出的最后结果。

Ref：MEME SUITE: tools for motif discovery and searching