发高分SCI文章---各种数据库的应用

临床医生朋友们，是否还苦于写课题写文章没有好思路？Dr.S教你一招让你吃遍天，前几期我们介绍了中国不同癌症相关的论文；今天咱们继续从乳腺癌说起，来分析一篇2016年发表在Cancer Research（IF=8.556分）的文章，还是用我们经典的ABCD四要素模式来分析一下。这次的侧重点是研究课题基因的寻找也就是后面我要讲得四要素的A基因的来源。

其实，这是困扰临床医生科研开展的一个很头疼的问题：如何找到一个合适的基因进行临床和基础研究。不过，Dr.S会在系列讲座中帮医生朋友将问题简单化。上次，Dr.S讲的是非常常规的A基因发现：表达谱芯片；这次，我们来聊一聊各种数据库的应用。

例如作为目前最大的癌症基因信息的数据库，Cancer Genome Atlas/TCGA可能蕴藏着难以想象的宝贵信息，围绕TCGA已经有很多重量级文章出现，而且对它的使用必然愈发重要。GEO数据库是隶属于NCBI世界上最大的储存高通量分子丰度数据的数据库。通过对这2个数据库的解析，可以发掘出海量的“宝藏”。

首先，我们先解读一下题目：HOXC10 expression supports the development of chemotherapy resistance by fine tuning DNA repair in breast cancer cells.

又是A基因通过B信号通路在C疾病中发挥D功能，今天就是要教你用这招4要素。

A基因、C疾病的由来：

C疾病：本文章的研究肿瘤为乳腺癌，课题研究选题方向取决于医生所在的领域。

A基因的由来，A基因的临床研究价值：

本篇文章中选取的基因HOXC10是通过对前期一篇文章正常乳腺癌组织和远端转移乳腺癌组织的HOX-tiling 芯片的mRNAs差异表达谱分析所得；并在Oncomine、TCGA、Johns Hopkins数据库进行多样本验证----多种数据库的联合应用(Fig.1a)。在GEO数据库中分析HOXC10的表达与总乳腺癌患者无瘤生存期、药物治疗的乳腺癌患者无瘤生存期、ER阳性+药物治疗的乳腺癌患者的无瘤生存期的相关性；

在GEO数据库中筛选出有远端转移的乳腺癌患者：HOXC10的表达与总乳腺癌患者无瘤生存期、药物治疗的乳腺癌患者无瘤生存期、ER阳性+药物治疗的乳腺癌患者的无瘤生存期的相关性(Fig1.b)；

Fig.1a

Fig.1b

D功能：

HOXC10过表达能减少细胞对药物治疗的敏感性(Fig.2a):药敏实验。HOXC10促进DNA损伤修复(Fig.2b)。

Fig2a

Fig.2b

B分子机制

通过CO-IP实验证明HOXC10过表达能减少细胞对药物治疗的敏感性通过和CDK7蛋白相互结合发挥功能(Fig.3a)。Fig.3b进行功能恢复实验验证这一观点结论。

Fig3a

Fig3b

文章模式图：

文章解读小结：

1. 要发表高分的SCI文章，ABCD模式一招鲜吃遍天，发现A基因(转录组测序或表达谱芯片)，阐述其在C疾病中的D功能：细胞学功能和动物模型；以及B信号通路：分子机制(上游+下游)、功能恢复实验。

其中关键的A基因的挖掘：可采用Oncomine、TCGA、Johns Hopkins、GEO数据库联合应用。

2. 对于待研基因，阐述其在某种疾病中的功能：临床相关性、细胞学功能、分子机制(上游+下游)、信号通路、功能恢复实验、动物模型、实验结论的临床回顾，关键在于“新基因”—新疾病—新机制。

根据吉凯基因的经验，从样本出发芯片，测序，质谱方法高通量筛选新功能基因的概率大约在10%左右，想要筛选验证得到一个新功能基因的难度非常大。吉凯基因历经3年，斥资上亿，已完成近6000个肿瘤相关基因的功能学筛选，从中找到明确的肿瘤功能标志基因若干，等待您来寻宝～～～

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