wwwblast的优秀替代品ViroBLAST使用指南

不少人会有在自建内部使用的在线的BLAST的需求，NCBI也做了这样的东西叫wwwblast，

但是wwwblast已经很久没更新不说，连NCBI自己都放弃了，在NCBI的FTP站点上现在已经都找不到

下载链接了。ViroBLAST是华盛顿大学微生物学院开发出来的一款非常优秀的替代品。

首先说明ViroBLAST对于商用是需要收费购买License的，但是我们作为非盈利目的的自用的话

是可以免费使用的。有需要的同学请去点我

填写一个表单就可以获取一个免费的License然后就可以下载使用了。

部署安装也是非常简单的，下载了代码之后把代码拷贝到web server的根路径（比如apache的/var/www/html/），运行：

gzip -d viroblast.tar.gz
tar -xvpf viroblast.tar

第一命令很好理解就是按照gzip方式解压，第二个命令-x参数是解tar包，-v是verbose模式，

-f后面直接跟文件，那这个-p是啥意思呢？其实很简单，BLAST需要的索引文件是需要手动建立的，

那么怎么才能让所有人都可以建立索引呢？ViroBLAST已经data目录以及其他目录的权限都搞好了，

-p参数的意思就是权限不重新生成就按照压缩包里面的权限处理。这样就可以在浏览器访问啦（前提是你的web服务是没问题的，每个人环境都不同，这里不多写）。

这时你访问你的ViroBLAST就会发现blastn只有一个Nucleotide test database可供选择，blastp只有一个Protein test database可供选择。我如何新建我自己的BLAST索引呢？

以下以基因组GRCH38p2.fa为例:

第一步：把GRCH38p2.fa复制到ViroBLAST根目录下的db/nuleotide目录（蛋白序列复制到db/protein目录）

第二部：运行

blast+/bin/makeblastdb
-in db/nucleotide/
GRCH38p2.fa
-dbtype nucl

这样你就可以在浏览器上看到GRCH啦！！！

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