相信大部分人都是先接触的Windows，而后因为某些需求才接触了Linux系统。但是Linux下的命令行交互模式让很多新手抓狂，在运行某些生信程序时总怕程序不正常中断，下面我就为大家介绍几个比较实用的Linux命令，以方便大家更好的使用Linux。
1. nohup
很多时候，一个计算程序可能要运行好几个小时，期间如果不小心动了下鼠标或者键盘有一定的几率会使程序中断，这样既浪费了之前的时间还要重新输入命令，是真的气。这里nohup命令完美的解决了这个问题。nohup可以让我们把程序挂在后台运行，并且在退出当前shell时也不会中断命令，具体的命令格式为：nohup 命令 &
在输完命令后，按回车，可能弹出如下提示
继续按回车，即可安全的退出shell，让命令在后台运行。
命令运行的记录保存在nohup.out文件里，如果有需要可调取查看。
2. jobs、ps和kill
上面我们提到了用nohup把程序挂在后台，但是如果我们想知道程序在后台是否还在运行该怎么办？
这里我么那就需要用到jobs和ps命令了。
jobs可以查看当前终端下的在后台运行的任务，注意这里只能看到当前终端下的，其他终端下运行的任务这里是看不到的。jobs的优点是可以看到具体运行的命令行是什么。
ps可以看到当前终端下的进程动态。
对于我们想提前关掉的程序，如上图的2051 perl这个程序，我们想关掉它，那就：
kill2051
此进程即可关闭。
3. top
jobs和ps只能在当下shell中使用，有些情况下我们可能需要查看整个系统的资源使用情况，这是我们就需要用到top了。top可以用来监控Linux系统以及所有进程的cpu、内存、运行时间等状况，而且相对于jobs和ps只能在当前终端使用，top是跨终端的，在新的shell里也可以看到之前运行的后台程序。
4. df
作为一个生信人，经常在后台跑几个程序是很正常的。但是万一跑着跑着数据填满了硬盘那程序还是会提前终止的。那我们如何查看硬盘还有多大的空间呢？这里其实只需要一个df命令就够了，具体命令如下：
df –lh
结果如下图所示
这里可以看到我们新建的服务器端的存储有30多T的空间，以生信的大数据产生速度，相信很快就可以塞满啦！
5. find
我们积攒了很多的数据，但是有时我们会忘记某个文件在哪里了，这里我们就需要用到一些检索工具，比如find。
find是linux下最常用的检索工具，强大而全面，具体命令格式如下：
findpathname -options [-print -exec -ok ...]
比如我们当前文件夹下有很多子文件夹，而我们不知道想要的文件的路径为何，那么我们可以用如下命令来检索该文件的路径：
find ./-name xxx
效果如下图所示：
6. locate
locate也是一个查找文件地址的工具，相比于find命令其搜索速度更快，原因在于它不像find一样搜索具体目录，而是搜索一个具体的数据库，这个数据库中包含有本地所有文件信息。Linux系统自动创建这个数据库，并且每天自动更新一次，所以使用locate命令查不到最新变动过的文件。为了解决这种情况，可以在使用locate之前，先使用updatedb参数，手动更新数据库。
检索命令如下：
locateXXX
例如locate bowtie
这个比Windows下的检索速度快多了，甚至超过了Windows下的我最喜欢的Everything这个软件（是的，不用怀疑，这里我是在推荐你们一个Windows下的实用好工具Everything）。
7. fg和bg
回到我们第一个nohup命令上，如果我们想将后台进程转到前台或者已经运行的进程转到后台改怎么做？这里我们需要用到fg和bg这两个命令：
fa可以将后台进程转换到前台。
语法是：fg [%num]
参数：%num将编号为num的后台任务转换到前台，num由jobs 命令得到。
Example ：fg 将最近的一个转后台的任务转为前台；fg %2将编号为2的后台任务转到前台。
bg可以将前台任务转为后台（需先用ctrl+z暂停任务），或者继续后台暂停的任务。
语法：bg[%num]
参数：%num 将编号为num的后台暂停任务继续。
Example：ctrl+z， bg
bg %2 将编号为2的后台暂停任务继续。
好了，围绕着程序运行这个主题我给大家介绍了这几个实用的工具，都是日常生信工作中比较常用的。希望和我一样的新手们看本篇文章后，对在Linux下跑程序有更好的掌控感。
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