1 前言索引 在前几期中我们探讨了如何利用TCGA来预测疾病的预后，在这里我们通过一篇文章来讲解关于葡萄糖转运蛋白（GLUT）家族成员能否成为肝细胞癌（HCC）预后因素。 有读者可能会觉得奇怪，为什么要研究这个家族的成员，以往的研究不是通过数据来挖掘分子标志物然后进行验证的吗？ 数据挖掘的确是一个较为简便且有效的方法，但在多数研究中，我们可以直接通过与癌症发病及发展的相关机制的研究中，有多数的分子标志物是被预测在癌症的发生及发展机制中具有意义的，但这些假设未经过验证，因此具有较大的争议。 因此针对这些假设我们可以数据库进行验证，这样就省略了数据挖掘的步骤，今天我们就通过这篇文章[1]来讲解如何进行分子标志物的验证。 2 逻辑思路 1.收集患者资料（RNA-seq在TCGA和cBio Cancer Genomics Portal中下载）； 2.分析SLC2A家族在HCC中的表达； 3.SLC2A家族表达与临床分期的相关性（SLC2A1和SLC2A2具有相关性）； 4.SLC2A1和SLC2A2表达不同与患者的预后的相关性； 5.ROC曲线及AUC分析SLC2A1和SLC2A2表达预测预后的价值； 6.SLC2A1和SLC2A2表达不同在不同分期的患者中的预后的情况分析； 7.三大危险因素（饮酒史、乙肝和丙肝）与SLC2A1和SLC2A2表达不同的预后情况的相关性； 8.多因素logistics回归分析影响HCC预后的因素。 3 方法剖析 1.患者的临床特征 经数据库中选择HCC数据，纳入372例患者，其临床资料见下表。
2.SLC2A家族成员的表达及其与临床分期的关系
经TCGA数据分析肿瘤组织中的SLC2A家族成员的mRNA表达水平（见图1A），由图中可知，SLC2A2（GLUT2）的表达水平高于SLC2A家族的其他成员，并且SLC2A14表达水平最低（图1A）。箱形图中，观察分期中的SLC2A家族成员的表达情况，由图2A可知，SLC2A1和SLC2A2在不同分期的HCC中表达差异明显（P=0.0079和0.0015）。
3.SLC2A家族成员和生存率之间的关系
将SLC2A1和SLC2A2表达水平分为两组（依据中位数，图2A、2C）和四组（四分位数）（图2B和2D）。经分析SLC2A家族中仅6个基因与生存具有相关性，SLC2A1和SLC2A2为其中的两个，以中位数分组后，高表达的SLC2A1患者总生存率较低（2A），低表达的SLC2A2患者的总生存率较差（2C）。
患者的中位生存时间取决于基因的表达水平（表2）。值得注意的是，低表达组与高表达组在中位生存期的差异在SLC2A2中最为明显，SLC2A2高表达组中位生存期为83.18个月，而SLC2A2低表达组中位生存期为40.37个月。 SLC2A1高表达组中位生存期为51.25个月，而SLC2A1低表达组为83.18个月。
采用ROC曲线观察SLC2A预测患者预后的价值，结果表明SLC2A1显示出比SLC2A2（0.626）更高的C指数值（0.657），但SLC2A2具有最高的AUC值（0.658）（图2E）。
依据患者的临床分期进行分组（I期和II期、III期和IV期），绘制出Kaplan-meier曲线（图3）。
一般来说，肝癌出现的危险因素包括饮酒史、乙肝及丙肝感染，经Kaplan-meier曲线描绘并分析表明饮酒史与SLC2A2表达预后具有相关性（图4A、4B）。在饮酒史的患者中，低SLC2A2表达与总体生存率较差相关（图4A，4B和表3）。乙肝感染不影响SLC2A2的预后（图4C，4D和表3）。如图4F所示，在没有丙肝感染的患者组中，高SLC2A2表达具有良好的存活率。
根据手术类型评估SLC2A2的预后为情况，将患者分为肺段切除组和肺叶切除组。无论手术类型如何，SLC2A2高表达在两组中均有良好的存活结果（p＜0.05）。
由上述的研究我们可以得出初步的结论——SLC2A1和SLC2A2与本研究中患者的生存相关，因此我们检测了SLC2A2和SLC2A1联合是否比单用SLC2A2有更好的预后意义。
患者分为4组：1）SLC2A1 <中值和slc2a2><中值；2）slc2a1≥中值和slc2a2><中值；3）slc2a1><>
4.多变量分析
进行多元回归分析以确定这些与生存相关的因素。我们比较SLC2A1或SLC2A2与其他临床病理变量，分析表明，SLC2A2的表达是影响患者生存的独立预后因素，危险比为0.9097（0.8433-0.9814，p = 0.0145）（表4）
4
思维散发
通过以上的分析不知道各位读者是否已掌握这种的思路分析方法了呢，该篇文章IF=5.168，在这篇文章中作者提供了一个较为全新的思路，而这个思路的建立是在前人研究的基础上进行的。
众所周知，癌细胞经不同来源获得能量，主要有葡萄糖和果糖，从而满足高代谢的需要，而葡萄糖及相关己糖经GLUT家族转运入细胞。葡萄糖呗SLC2A蛋白转运到癌细胞，因此作者认为SLC2A家族与癌症的发生及发展具有相关性。
在这个基础上，研究该家族的哪些成员可作为HCC的预后标志物。这篇文章的思路较为简单，在TCGA查找及分析数据→统计学分析SLC2A家族成员表达→SLC2A1和SLC2A2表达不同的患者的预后（ROC曲线及AUC分析预后价值）→多因素分析HCC预后因素。
END
联系客服
