首先我们大家都知道细菌具有6大类分泌系统（截止目前，后面不知道会不会发现更多），按其分泌是否利用Sec转位酶可分为两大类：一类是利用Sec转位酶(translocase)和N末端信号序列进行蛋白转运的，包括II型(T2SS)和V型分泌系统(T5SS)；另一类则不依赖Sec转位酶，如I型(T1SS)、Ⅲ型(T3SS)、IV型(T4SS)和VI型分泌系统(T6SS)。本文研究的对象就是霍乱弧菌（Vibrio cholerae）的T6SS。
霍乱弧菌的T6SS可以在体外杀死异源细菌，如大肠杆菌（Escherichia coli），但是它在体内（在被感染的实验动物体内）被激活来杀死对其毒性效应物缺乏免疫力的霍乱弧菌细胞。
实验1：霍乱弧菌T6SS的作用
对照Buffer（无霍乱弧菌，No Vc），野生型霍乱弧菌（Vc WT），vipA基因缺失的T6SS缺陷型菌株（Vc T6SS-）感染小鼠，然后在不同时间点（8,12,18,24h）收集小肠（SI）匀浆后进行菌落计数（CFU是colony forming units，菌落形成单位，是常见的细菌数目检测单位）。
从图A可以看出，弧菌的共生菌E.coli 在有野生型弧菌接种后大幅度减少，说明WT弧菌杀灭了E.coli 。同时，T6SS缺陷的弧菌对E.coli 的杀伤效果不明显，野生型的杀伤效果比缺陷型高300倍。由此很容易得出结论：弧菌杀伤共生的E.coli 主要是依靠T6SS。
图B得出一个结论，T6SS缺陷的弧菌不易在小鼠肠道定殖，由此引发思考，难道T6SS和细菌的定殖有关？（细菌能否定殖和在何处定殖决定了细菌的致病性及致何种病，对于病原微生物来说定殖能力非常重要）然后作者再做了一个实验，把野生型和突变型同时接种到小鼠体内，发现野生型可以促进缺陷型菌株的定殖，进一步证实了T6SS和定殖能力相关。
实验2：小鼠对弧菌响应的转录机制研究
用野生型和突变型弧菌处理小鼠6,10,14,22h后取肠道进行转录组和qPCR实验，重点关注il6（白细胞介素6）和KC（趋化因子）两个基因的表达情况。发现在6h，野生型是突变型的3.3倍和5.1倍（图A，图B）。这些结果表明，在感染早期，先天性免疫因子IL-6和KC的诱导依赖于具有活性T6SS的霍乱弧菌
到这里问题又来了，虽然观察到了免疫反应，但是这个现象是怎么导致的？会不会是因为弧菌杀死了其他共生菌（前一个实验结论）导致的？
所以为了研究的严谨性和完整性，再做实验，我先用抗生物（链霉素SM）把小鼠体内其他的菌杀死，再用弧菌去感染，这下圆满了。在不存在链霉素敏感的肠道共生物的情况下，在感染野生型霍乱弧菌的小鼠和感染T6SS突变株的小鼠之间，在6小时时没有观察到IL-6或KC表达水平的显着差异（图C）。
那么接下来我再做个RNA-seq和qPCR，这135个差异基因只可能是T6SS缺失与否造成的了。图D展示了和宿主免疫反应相关的基因表达模式，重点关注转录因子NF-kB通路和再生胰岛蛋白3γ和β。作者得出结论：野生型霍乱弧菌比T6SS突变体更能诱导先天免疫反应。
实验3：T6SS对疾病（腹泻）的影响
这个实验首先还是用野生型和突变型弧菌饲喂小鼠，检测腹部积液（腹泻的指标），发现野生型比缺陷型更厉害，而用抗生素处理之后，效果就不明显了，进一步说明T6SS是通过杀死其他共生菌来导致疾病的。
再进一步，对抗生素SM处理和不处理的霍乱弧菌进行转录组研究，发现毒力操纵子ctx和tcp 的表达差异：在早期，野生型的均高于缺陷型，但是抗生素处理之后差异显著下降。又结合细菌的体外培养，T6SS处理的大肠杆菌ctx和tcp的转录被激活。因此得出结论：宿主驱动T6SS依赖的毒力基因表达变化。
实验4：不同霍乱流行期间病原菌的转录差异
将过去的七次流行病El Tor菌株N16961（1971）和 C6706（1991）的转录组和最近的变异菌株MDC126（2008）和H1（2010）染色体I和II的T6SS相关操纵子发生变异）的转录组进行比较分析。从图中可以看出，突变株具有更高的表达量（这里直接使用RPKM值进行作图比较）。
总结以上的实验结果，推导出结论：霍乱弧菌，原生肠道共生菌和宿主之间相互作用的模型。
当霍乱弧菌到达小肠上皮时，“感觉到”来源于其环境（腔或粘液层）的未知信号1以激活其T6SS的表达。霍乱弧菌然后杀死T6SS敏感的共生生物排列肠道上皮，从而清除自己的适应空间和营养获得。
来源于裂解共生体的细菌碎片充当新的信号2，其诱导上皮中的先天性免疫应答，并且导致作为宿主来源的信号3的粘膜环境的变化，其激活V的表达。霍乱毒素（CT）等霍乱毒力因子，以及肠道定殖因子毒素共同调节菌毛（TCP）。先天性免疫应答和CT对粘膜上皮的作用均导致疾病症状（即腹泻）的升高，霍乱弧菌传播增加以及增加作为人类病原体的适应性。
这篇论文回答了一个微生物学界的重要问题：微生物之间的互作，微生物与宿主的互作。以前认为微生物都是独立的个体，近年来才发现微生物往往是抱团发挥作用，最典型的的莫过于群体感应（QS）系统。
这篇文章从霍乱弧菌的T6SS系统出发，一步一步设计实验（严格对照实验），只用了简单的菌落计数，RNA-seq和qPCR等手段，就对前人的假设进行了验证，并且进一步揭示了现象背后的机制，最后构建一个新的模型。这是大多数高分文章的思路。
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