对于科研工作者而言,找到一个合适的idea异常重要,但是对于没有大把钱财来测序寻找idea的人来说,就必须要依靠一定的套路才能快速高效的发文章。今天,我就通过一篇文章给大家分析一下别人文章中的套路。
这篇文章于今年1月份发表在《Innate Immunity》杂志上(IF 2.3),讲的是幽门螺杆菌通过miRNA-223来调控NLRP3的表达。
NLRP3是一类存在于细胞内的模式识别受体(PRR),当受到环境中一些危险信号的刺激(比如灰尘,紫外线,人体内的尿酸盐结晶以及能量物质ATP);或者外界病原微生物的入侵(比如尼日利亚菌素Nigericin)时,NLRP3受体会感知这些信号并作出快速应答来清除这些入侵的病原。这些都不重要,重要的是作者看了很多文献,决定研究NLRP3和幽门螺旋杆菌。
这篇文章中,作者的思路很取巧,首先,作者以靶蛋白NLRP3作为基础,通过miRNA预测网站进行预测,发现靶向NLRP3的hsa-miR-223-3p。
随后,作者对hsa-miR-223-3p对NLRP3的调控进行验证,发现hsa-miR-223-3p的确可以靶向NLRP3;接下来,作者就探究在幽门螺杆菌入侵过程中,hsa-miR-223-3p的变化,发现幽门螺杆菌入侵后,诱导hsa-miR-223-3p的产生,后者通过与NLRP3的UTR区域结合,抑制NLRP3表达进而减弱NLRP3炎症小体的活化以及炎症因子IL-1β的产生 。
这篇文章集中于一点,miRNA靶向NLRP3蛋白,抑制后者的表达。那这个miRNA又是如何寻找的呢?在文章中,作者讲的很明白,通过两个数据库预测得到的,它们分别是miRDB和 TargetScan。
下面我给大家介绍一下这两个网站。
首先进入miRDB, http://www.mirdb.org/
在gene target一栏输入需要查找的靶蛋白NLRP3,点击Go。
得到以上可能结合的13种miRNA,为了更强精确的选定一个miRNA,再进入另外一个数据库TargetScan。
进入TargetScan数据库,http://www.targetscan.org/vert_72/
在gene sumbol出输入NLRP3,随后点击Submit,获取可能的miRNA。
可以看到,只有一个相对保守的miRNA-hsa-miR-223-3p.
通过上述的讲述,你发现什么端倪了吗?其实套路不难,只要你确定需要研究的靶点,随后通过上述两个网站进行预测相应的miRNA,对这两者的关系进行验证就可以发表一篇相对不错的文章,还等什么,毕业触手可及了。
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