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解析下面这篇文献

什么?老师您不信。且听我解析下面这篇文献。

这是一篇2018年刚发表在Nature Communications(IF=12.124)的文章,还是用我们经典的ABCD四要素模式来分析。但是这次的A基因是个“老”基因,能发表高分文章的主要原因是,找到了“老”基因发挥功能的新机制。


我们先解读一下题目:Snail promotes ovarian cancer progression by recruiting myeloid-derived suppressor cells via CXCR2 ligand upregulation.题目依然是A基因通过B信号通路在C疾病中发挥D功能的经典模式。这样的思路非常清晰明确,涵盖了文章的所有要点,建议各位老师的课题标书与论文撰写,也按照这样的模式。


A基因、C疾病的由来:

C疾病:本文章的研究肿瘤为卵巢癌。课题研究的选题方向,取决于医生所在的领域。

A基因:眼睛尖的老师可能已经发现了,Snail基因,不就是大名鼎鼎的上皮-间充质转化(epithelial-mesenchymal transition, EMT)过程中扮演关键角色的转录因子吗。是的,正是这个Snail转录因子。该基因已被广泛认为不仅可诱导EMT进程,与干细胞特性产生与维持、细胞生存与凋亡等生物学过程相关。


作者前期研究发现,卵巢癌中间充质亚型(mesenchymal subtype)病例的预后较其他亚型更差,而且肿瘤浸润的CD8+淋巴细胞(CD8+ TILs)数量更少。因此,作者想要揭示,在EMT进展过程中,发挥关键角色的Snail转录因子,影响肿瘤细胞免疫逃避的具体机制。

首先,作者通过临床病理样本及TCGA数据库,确认了Snail基因表达水平,与卵巢癌病例的EMT进程,以及病例的预后有显著相关性(Fig1)。

Fig1

随后,作者通过RNAi-慢病毒技术,将Snail在卵巢癌细胞中敲减表达后,检测了细胞中的EMT marker: CDH1和Vimentin。并确认Snail敲减可降低卵巢癌细胞的转移能力。在免疫缺陷小鼠与免疫健全小鼠中,分别将敲减了Snail的细胞皮下接种至小鼠,结果发现,Snail抑制肿瘤进展的能力与肿瘤免疫相关(Fig2)。而敲减Snail后肿瘤中浸润的骨髓来源抑制性细胞(Myeloid-derived suppressor cells,MDSCs)增多(Fig3)。而MDSCs被认为是负向调控免疫应答的重要细胞群。

Fig2

Fig3

为了阐述Snail发挥免疫抑制功能的具体机制,作者干扰了Snail后,利用表达谱芯片寻找Snail下游的差异表达基因,并对差异表达基因进行功能与通路富集。通过表达谱芯片确定了下游的方向:CXCL1,CXCL2和CXCL5。通过实验验证了Snail与CXCL1,CXCL2,CXCL5的分子表达相关性Fig4)。通过WB验证及NF-kB通路抑制剂,以及双荧光报告实验,证明Snail通过NF-kB通路,以直接结合至启动子区域的方式,促进CXCL1和CXCL2的表达。

Fig4

Fig5


是不是看的急不可待了,想要把“老基因”再翻出来做一做?道法三千,为“老”基因找到有创新性的机制方向,才能发挥出科研的价值。而这也是“老”基因研究的难点。

根据吉凯基因的经验,从样本出发到芯片、测序、质谱等方法高通量筛选新功能基因的概率大约在10%左右,想要筛选验证得到一个新功能基因的难度非常大。吉凯基因历经3年,斥资上亿,已完成近6000个肿瘤相关基因的功能学筛选,从中找到明确的肿瘤功能标志基因若干,等待您来寻宝~~~

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