DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰，目前针对于DNA甲基化的研究主要体现在基因组的局部区域上，而针对全基因组的分析则无法直观表现。那么为了能够更加直观的分析出同一位点不同修饰信号的DNA甲基化数据间的差别该怎么办呢？哈哈哈，不用急，今天来给大家介绍一个软件WashUEpigenome Browser，想必看过的小伙伴们会有新的收获哦，也期待能助你们一臂之力！
WashU EpigenomeBrowser是由圣路易斯华盛顿大学医学院的王艇教授小组（http://wang.wustl.edu/）创建维护。相比于其他的表观基因组浏览器，WashU EpiGenome Browser在浏览表观遗传修饰数据中表现的更加专业；同时可以加载ENCDOE、RoadMap和用户自定义文件，实现数据的快速浏览比对。
较长，点我即可查看完整的使用方法《WashU EpiGenome Browser的基本用法——跟着岳大师学ENCODE和RoadMap》
我们选择Humanhg19这个基因组作为参考基因组，这个参考基因组下的数据量最大。在此基础上，我们选择公开的数据集引入人类表观基因组数据，生成一系列可用的表观修饰数据并选择加载2737个不同类型的轨道。系统默认加载模式细胞系IMR90（人胚肺成纤维细胞）的数据。
（2）正常数据与疾病数据的甲基化比对可视化分析
我们以肺癌为例，在Tracks中输入“lung”，进行搜索。首先添加肺癌的甲基化测序数据，与原IMR90的甲基化数据进行比对，结果如图1所示。在WashU中每个数据信号都会通过数据波峰展示，图中灰色代表了该区域CpG的丰度，蓝色代表甲基化CpG丰度。由此，一个基本的数据可视化过程就展现出来。我们可以看出肺癌数据的蓝色波峰普遍高于正常的甲基化程度。下面我们对该区域中15个特定位点的甲基化水平进行分析，采用单侧检验方法得出P值为0.0354。因此得出结论，肺癌甲基化数据的CpG丰度偏高。
图1.正常甲基化与肺癌甲基化的数据信号比较（P=0.0354）
（3）不同修饰信号的疾病数据的比较
我们挑选其中有关肺癌的3种不同的轨道类型： H3K4me1 of lung fetal day 85F、H3K9me3 of lung fetal day 85F和H3K27me3 oflung fetal day 82F，进行比对分析。首先将3种修饰信号分别与正常人体信号进行比对，如图2所示。虚线部分表示同一位点上不同修饰信号的强度，从上往下信号强度依次为16.9289、2.62284、0.239121、0、0.236382、2.82699。由此，可以看出他们的信号强度差别很大。
接下来，将这三种轨道类型放在一起进行比对，如图3所示。三种信号峰波由上往下的峰值依次为47.92、11.72、99.60。由此可见，在该区域中肺癌甲基化修饰数据H3K27me3显示出高强度的数据信号。
图2.同一位点不同类型轨道数据波峰比较
图3.肺癌的三种不同修饰信号强度对比
怎么样？学会了吗？DNA甲基化测序方面是一个大的趋势，越来越多的测序技术推动了DNA甲基化数据分析的发展。研究人员运用相关的生物信息学软件能够对大量的DNA甲基化数据进行分析，但是仍存在很多不足。而可视化的分析DNA甲基化数据为研究人员提高了效率，节省了大量时间。在癌症肿瘤等重大疾病方面，多种不同类型DNA甲基化数据的可视化分析仍然是一项巨大的挑战。需要各位科研精英们的不懈努力，加油！
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