除了常见的二维图表,在文献中也会见到3维的图表,如下图的PCA分析图表。
(Renaud H J,2014)
今天就看下如何用Origin绘制类似的3维图表。
数据准备
示例所用的数据如下,假设A、B、C三列数据为3个主成分,D列为样本。
绘制3D的图表需要Z轴,因此我们需要将一列数据转换为“Z”,方法如下图,我们这里将C列数据转化为“Z”。
图表绘制
数据整理后,通过 Plot/ 3D Scatter (如下图)绘制3D散点图。
在数据选择窗口,A、B、C三列数据分别对应X、Y、Z,点击OK。
立即可获得初步的绘制结果,见下图,单击图表内的空白区域,可对图表进行平移、缩放和旋转。
右键图表中的“小球球”,在菜单中点Plot Details(如下图),可对这些“球球”进行进一步的调整,如大小、颜色、形状(不仅仅是球形,你也可以选择正方体、星形等等)的改变等。
除了上面这些,当然比较重要的是要建立“颜色索引”,我想实现给3个样本分别进行着色。方法如下图,点击Color 右侧的小三角,在By Points选项卡,将D列的“Species”数据作为颜色的Indexing。
这样,小球球就按D列的数据分成三种颜色啦。嗯,图例还有问题,接下来我们需要让PC1和PC2也显示出来。右键图表中的图例,通过Legend\Reconstruct Legend(如下图) 让PC1和PC2也显示出来。
图表调整
关于3D图表的调整如坐标轴的调整与之前讲的2D图表的调整一致,如果有轴标签出现重叠的现象,可通过对坐标轴的Scale进行微调来“错开”,你也可用3D Rotation工具(如下图,窗口左侧工具栏也有)对图表进行旋转、倾斜、改变透视关系等,非常方便,大家可以试一试。
最终的导出结果如下图:
如果你觉得做PCA分析和学习Origin软件也太难了,但是又想绘制出三维的PCA图…怎么办?有没有简单的方法呢?有,推荐大家使用OmicShare云平台的“高级三维PCA图”工具,只需要按照示例数据整理好数据,就可以自动完成PCA分析和发表级的图片生成!具体方法参见《OmicShare再添新工具 高级三维PCA图》一文。
今天的内容就到这里啦~
参考文献
Renaud H J, Cui J Y, Lu H, et al. Effect ofDiet on Expression of Genes Involved in Lipid Metabolism, Oxidative Stress, andInflammation in Mouse Liver–Insights into Mechanisms of Hepatic Steatosis[J]. PloS one, 2014, 9(2): e88584.
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