R画图-火山图

本文将会教大家用ggplot2画一个RNAseq差异表达后常见的一个图——火山图。

下边是我们用DESeq2得到的差异表达的基因的一个表格情况。我们只需要用到logFC（log10Fold Change）和padj（校正后的p value）作图。所以我就只以这两列为例，作图。

首先，生成包含logFC和padj的一个数据集。

logFC <>10000,mean=0,sd=4),1000,replace = T)padj <->10000, 0, 0.08) ,1000,replace = T)

sample是随机抽样的一个函数，rnorm从生成正态分布中生成数，而runif则是从生成均匀分布中生成数。

把刚刚生成的数做成一个数据框：

data <- data.frame(logfc="">

为了后续画图方便，我们先把数据作一下分类。在这里，我们把fold change大于-2和小于2，以及padj < 0.05="">

data$sig[(data$padj > 0.05|data$padj=='NA')|(data$logFC <>2)& data$logFC > -2] <->'no'data$sig[data$padj <=>0.05 & data$logFC >= 2] <->'up'data$sig[data$padj <=>0.05 & data$logFC <=>2] <->'down'

好，可以开始画图了：

# 选最大值作为xlim的上下边界x_lim <->

我们把padj做了一个-log10的变换：

# 绘制火山图p <->1*log10(padj),color = sig))+geom_point()+ xlim(-x_lim,x_lim) + labs(x='log2(FC)',y='-log10(FDR)')+ ggtitle('Volcano plot')print(p)

关于上边不了解的参数，建议可以尝试自己调整和删减，查看图片的变化，就可以知道这个参数是什么作用了。

由于fold change大于-2和小于2，以及padj < 0.05="">

volcano <- p="" +="" scale_color_manual(values="">'#619cff','grey','#f8766d'))print(volcano)

再添加几条阈值的线：

volcano <- volcano="" +="" geom_hline(aes(yintercept="">1*log10(0.05)),colour='black', linetype='dashed') + geom_vline(xintercept=c(-2,2),colour='black', linetype='dashed')print(volcano)

保存刚刚做好的图：

ggsave(('Volcano.png',volcano,device = 'png')

最后附上完整代码：

logFC <>10000,mean=0,sd=4),1000,replace = T)padj <->10000, 0, 0.08) ,1000,replace = T)data <- data.frame(logfc="logFC,padj=padj)data$sig[(data$padj"> 0.05|data$padj=='NA')|(data$logFC <>2)& data$logFC > -2] <->'no'data$sig[data$padj <=>0.05 & data$logFC >= 2] <->'up'data$sig[data$padj <=>0.05 & data$logFC <=>2] <->'down'# 选最大值作为xlim的上下边界x_lim <-># 绘制火山图p <->1*log10(padj),color = sig))+geom_point()+ xlim(-x_lim,x_lim) + labs(x='log2(FC)',y='-log10(FDR)')+ ggtitle('Volcano plot')print(p)volcano <- p="" +="" scale_color_manual(values="">'#619cff','grey','#f8766d'))print(volcano)volcano <- volcano="" +="" geom_hline(aes(yintercept="">1*log10(0.05)),colour='black', linetype='dashed') + geom_vline(xintercept=c(-2,2),colour='black', linetype='dashed')print(volcano)ggsave(('Volcano.png',volcano,device = 'png')