近几年来lncRNA研究火热，看着别人研究得如火如荼，自己是不是也想“跟风”一把，凑个热度？下面我们就一篇影响因子6.287，发表在皮肤病学顶尖杂志Journal of investigative Dermatology上的一篇文章为例，剖析一下lncRNA的研究套路
先来简要介绍一下lncRNA的背景，长链非编码 RNA，Long non-coding RNA, 简称 lncRNA。lncRNA 是长度大于200个碱基的非编码RNA，不编码蛋白，是一种调控性分子。lncRNA的发现其实要比miRNA早，最早是1990年在哺乳动物的细胞中鉴定了第一个lncRNA——H19。刚发现的时候并没意识到它是普遍存在的调控分子，近十年来因为受到小RNA研究的启发以及新的测序技术推动，lncRNA 被大量鉴定出来，又发现它具有异常丰富的结构和功能的多样性，这就引起了研究者们极大的关注。lncRNA 涉及了基因表达调控的方方面面，所以研究的灵活性很大。
这篇文章在背景部分介绍了lncRNA的相关知识，第二段中介绍lncRNA有三种类型，一种是intronic（内含子） lncRNA，即在基因内含子区域编码的 lncRNA;还有一种是natural antisense transcripts,即反向编码的lncRNA;最后一种是Long intergenic noncoding RNA（lincRNA），根据命名来理解，就是位于两个编码基因中间区域编码的长链非编码RNA。实际上， lncRNA的分类还没有统一，这篇文章中介绍的分类算是比较简要的一种。
文章中也提到lncRNA有两种主要的作用机制，调节转录因子或者调节mRNA的稳定性。这就涉及到了lncRNA研究中一个比较重要的问题——亚细胞定位，不同的亚细胞定位会有其不同的作用机制，位于细胞核中的lncRNA主要参与转录调节，而位于胞浆的lncRNA则主要参与ceRNA调节。
这篇文章研究的疾病是皮肤鳞状细胞癌，靶分子是PICSAR，论证了lncRNA PICSAR通过调控ERK1/2通路促进了肿瘤增殖，下面就具体分析一下文章的研究套路。
1、高通量筛选lncRNA
用RNA-seq或者芯片进行高通量筛选。本文是做了RNA-seq，以热图形式呈现差异分子，其中本文的靶分子PICSAR 在皮肤鳞状癌细胞中表达显著上调。
2.表达和定位
筛到表达差异最显著的lncRNA采用qPCR或RNA原位杂交检测一下表达和定位。在下图的b和c中采用qPCR的方法在细胞株和组织中检测PICSAR表达情况，表明PICSAR只在癌组织中高表达。
上文中也提到lncRNA的定位与其作用模式有密切关系，下图中的d就是用RNA荧光原位杂交检测PICSAR的亚细胞定位，发现其存在于胞浆中，e则是PICSAR在动物组织中的表达定位。
3、功能表型验证
第三步，做过表达或沉默的载体，进行表型分析。通过in vitro(体外)和in vivo(体内)实验，先做细胞实验，再进行动物实验验证。
由于上文已经验证了PICSAR在癌组织中表达显著上调，作者采用了RNAi的方法来设计siRNA沉默lncRNA PICSAR，证明了抑制PICSAR后肿瘤细胞生长变慢。
接下来作者又做了裸鼠成瘤实验，观察肿瘤生长情况，做了成瘤曲线，称瘤重比较肿瘤大小等等，取下肿瘤后又进行了免疫组化，这是动物水平的验证。
做到这一步，文章就已经很有把握了，下面文章的机制部分就是锦上添花，使文章达到更高的层次。不过若是花钱好不容易筛出一个差异表达的lncRNA，不再往下进行机制研究未免有些可惜。
4、分子机制
最简单的就是将文章中研究的靶分子与明星通路连接起来，可以在下游找通路的明星蛋白做western作为机制的研究。
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