军队的基础是可靠的民众，清朝击败了准噶尔汗国，覆灭了和卓政权，但满清和民国在新疆的军事力量都不强，总兵力只有四万人的浩罕国就多次入侵新疆，沙俄也对新疆虎视眈眈，这些问题的根源就是新疆中国政权可以依赖的民众太少。
乾隆把新疆归入版图后，还一度遭到了阿富汗帝国的挑战，皇阿玛的反应就是不理睬自己的属国，两眼一闭全当没看见。这是很正常的反应，因为乾隆时期清军绿营在新疆的总兵力是11，000人，兵力最多时达到过16，000人。满清还把索伦人等新满洲兵力调往新疆，当时新疆有卡伦七十多座，索伦、锡伯、察哈尔、额鲁特四营按照每个卡伦十几到三十人的兵力进行常驻，兵力最多为6000人，平时只能保持2000人左右的常驻兵力。
截至到1944年，新疆进行人口统计时，锡伯族人口仅仅时1万零624人，达斡尔族更是只有2508人。整个新疆，满清可以动用的兵力最多不超过两万人。阿富汗杜兰尼王朝最多能出动20万人，它在乾隆时期重创了莫卧儿帝国，还多次和此大陆强权马拉塔联盟开战并获胜，当时的阿富汗帝国可是非常不好惹。乾隆时期满清还能和阿富汗人掰掰腕子，到了嘉庆、道光时期，满清就难以应对浩罕国的挑战。
浩罕国多次支持和卓的后裔在新疆闹大新闻，还派出自己的上万部队参与其中。嘉庆道光年间，满清在新疆的总兵力不超过15000人，有半数还集中在北疆乌鲁木齐一带（乌鲁木齐4500多人，镇西府2000多人），和卓后裔、浩罕国一联手就能在新疆拉起三四万的队伍，对南疆的清军形成兵力优势。
好在当时浩罕国的军队战力并不强，鸦片战争时期的败将奕山都带着4700多名清军击败3万多人的浩罕国大军。满清虽然能击败浩罕国，却无法彻底征服这个国家。浩罕国反而借助同道光签订的条约，把6000多名本国商人派到新疆。除了浩罕国商人，清朝末年新疆还有12万来自中亚的各色人等。这些人对中国政府的统治形成了巨大威胁，因为新疆直到1850年才有各族人口73万4389人，他们相当于新疆人口的六分之一。
满清可以利用的绿营及其家属不超过十万人，汉人民户最多有十五万人，遣犯及其家属也有五万人，加上商户，满清手中的汉人只有30万人左右。新疆的满洲八旗、索伦、锡伯、察哈尔、额鲁特四营加起来也只有两万人左右的兵力储备（这还是人多时），整个新疆满清最放心的人力资源只有三十多万。
中亚各国不请自来的人员已经是汉人的四成，他们还被浩汉国商人凭借特权集合在一起，成了新疆的重大威胁。在历次和卓之乱中，他们都给浩罕国带路。阿古柏侵入新疆时，也是他们给了阿古柏支持，让阿古柏从几十个手下的流亡军头变成了拥兵上万的新疆巨头。浩罕国灭亡、阿古柏政权覆灭后，这些中亚人士又都换了沙俄的身份证，帮助沙俄侵略新疆。
民国建立后，新疆的汉族人口依旧稀少，1948年新疆的汉人也只有29万人，青壮年男子更是只有4万多人。新疆的主体民族人口过少，周边涌入的外来人口过多，让清末、民国时期的新疆烽火不断。
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