真气在机体内运行不息，内自五脏六腑，外达四肢百骸。流转输布循经运行;寅时，自手太阴肺经开始;卯时，注于手阳明大肠经;辰时，注于足阳明胃经;巳时，注于足太阴脾经;午时，注于手少阴心经;未时，注于手太阳小肠经;申时，注于足太阳膀胱经;酉时，注于足少阴肾经;戍时，注于手厥阴心包经;亥时，注于手少阳三焦经;子时，注于足少阳胆经;丑时，注于足厥阴肝经;寅时，又由肺经开始，周而复始地进行生理性的功能活动。
真气运行的规律和大自然的运动规律是分不开的。人在气交中生活，呼吸之间都受着大自然的左右，因此要了解自然、利用自然、不违背自然，才是于身体有益的。同时也提供了和自然作斗争的有利条件和手段。
真气运行与昼夜变化、痞寐也有关系。白昼，气行于阳则痞，夜行于阴则寐.当然，这和日出而作、日入而息的生活习惯，也是有关系的。常见有人违背了这个自然规律时，身体便感觉很不舒服。如果对真气运行法锻炼有素的人，遇到这种情况，利用少时的静息，便可恢复疲劳，对工作、身体都是很有帮助的。
在临床也遇到一些病人，自诉经常在某时发病，人们便根据这个时间，计算真气注于某个脏腑，再结合四诊八纲作出诊断，往往是符合真气运行规律的。
五更泻又名鸡鸣泻，每日都在黎明时一定的时间排便，就是一个例证。一般认为本病是属肾气不足、命门火衰不能熏蒸五谷所致起的一种证候。那么为什么要在黎明时排便呢?由于肺为肾的母脏，肾病日久，肺亦受累。按真气传注时间，上午3 - 5时为寅时，传注于肺;5- 7时为卯时，传注于大肠，肺与大肠相表里。在病理情况下，肺气虚弱致大肠的排便功能不全，在五六时之交，真气由肺经传注大肠经时，大肠经在生理上发生了冲动，因而产生了排便作用。根据这个象征，可以说明真气运行与时间是有关系的。
肺病日久，消耗阴液，多在下午5-7时呈现颧红，手足发热等现象.原因是肾属水，肺为水之上源，经长期消耗肾阴亏损，真气于酉时(5-7时)传注于肾经时，便出现了阴不育阳、水亏火越的现象，再如针法的子午流注按时开穴治病，《伤寒论》之'某经病欲愈时在某至某时上'，以及近年来某些学者对研究自然科学所发表的'生物体内有时钟'等，都说明真气运行与时间的关系是极为密切的。
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