中医自诞生起便与中国古代哲学有着密不可分的联系，由于文明早期人类的知识匮乏、认识短浅，无法从机体内部寻找生理、病理上的客观联系，古人只能采用简单的、粗略的方法，此时原始思维的“互渗律”发挥着作用，古人将自然界的变化与人的生理、病理变化相联系，并将四季、风雷雨雪等自然现象以及洪涝、地震、台风等自然灾害归为“天地的意志”，自然界便失去了纯自然、纯物质、纯客观的事物，由此可见其思维中必然存在着大量主观性、臆测性的错误和缺陷。
如《黄帝内经·阴阳应象大论》中便提出：“天不足西北，故西北方阴也，而人右耳目不如左明也。地不满东南，故东南方阳也，而人左手足不如右强也”，似乎古人根本没有考虑过不同的人必然会有左右利手的区别。类比、互渗意识在人类原始社会阶段都存在过，在漫长的历史长河中，有的国家或民族逐渐将其抛弃，而有的国家或民族依然保存着它，如在主流的中医理论中，其阴阳、五行学说中的“象天法地、五行相应”便被认为是中国传统医学的瑰宝，是传统医学不同于西方医学的价值核心。
而实际上正是阴阳、五行学说中的互渗、类比思维将中医永远禁锢在一个固定的、牵强附会的推理模式中，让中医固步自封。尤其到了宋明时期，理学对于中医的发展产生了深远影响，顾云湘 即指出理学哲学范畴在中医学领域中的渗入与定型，无形中设置了中医学向近代科学转换的话语障碍，受理学思想的渗透，同时其唯心主义思想的发展在一定程度上亦阻碍了中医学的发展。
《传习录》曾记载王阳明有次游玩时，曾指着岩中花树对友人说“你未看此花时，此花与汝心同归于寂；你来看此花时，则此花颜色一时明白起来，便知此花不在你的心外”，此类“心外无物”的观念深入发展下去，容易引导中医走向神秘论与唯心论，而最终也将使中医脱离临床实践，为说理而说理，逐渐走向迷信。
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