明治天皇
德川幕府将国家大政归还天皇之后，于庆应三年十二月九日(一八六八年一月三日)宣布恢复王制，成立明治新政府，军事大权归还天皇。
翌年一月，仁和寺宫嘉彰亲王(明治三年改名东伏见宫，明治十五年改名小松宫彰仁)被任命为军事总裁、征讨大将军，在鸟羽、伏见讨伐了拥戴德川庆喜的会津和桑名的藩兵。接着于二月份，有栖川宫炽仁亲王被任命为东征大总督，进行了戊辰之役 [ 译者注：戊辰之役，明治一年(一八六八年，农历戊辰年)政府军与旧幕府军间进行的国内战争。 ] 。由此可见，天皇的军事权是委任大将军或大总督行使的。
但是，这个时期天皇还没有直属部队，总督也只能指挥控制各藩的军队，而且中央军事机构也十分软弱。
军队的中央机构 庆应四年(一八六八年)一月，新政府的中央军事机构，按三职(总裁、议定、参与)七科的职制，设立了海陆军务科，议定岩仓具视、仁和寺宫嘉彰亲王、岛津忠义被任命为海陆军务总督，统管海陆军的训练、守卫和军务。这就是明治建军时期中央军事机构的雏形。
小松宫彰仁亲王
此后不久，于二月又改为三职八事务局，八事务局中设立了军防事务局。军防事务局首脑称为军防事务局督，由嘉彰亲王任此职。这一职务与陆海军科基本相同，军务处理机关的组织系统终于就绪。
但是这一年的闰四月又进行了官制 [ 译者注：旧制，对规定行政机关的设置、废止、名称、组织及权限的敕令等的称谓。 ] 改革，规定了太政官制。太政官包括七个官职：议定、行政、神祗、会计、军务、外国、刑法。确立了强有力的中央集权，规定了司法、立法、行政三权的分立。军务官下辖海军局、陆军局两个局和筑城司、兵船司、兵器司、马政司四个司，嘉彰亲王继续担任长官——军务官知事，处理海陆军的军务。
庆应四年(一八六八年)九月八日，改年号为明治，十月十三日天皇把皇居设于东京城(江户城)。
明治二年(一八六九年)七月，修改了太政官制，废除了三权分立制度，平行设置了神祗官和太政官，太政官实行二官六省制，即设左大臣、右大臣各一人，以及民部、大藏、兵部、刑部、宫内、外务六个省。太政官直接辅佐天皇处理国政，各省则是分担业务的实施机关。
兵部省下设卿、大辅、少辅、大丞及其他职员，海陆军分别设上、中、少将，其首脑兵部卿负责处理海陆军一切军务。第一任兵部卿是嘉彰亲王。兵部省最初设在京都，明治二年十二月迁至东京，地址在皇居和田仓门外鸟取藩邸(三宅坂)。
明治三年(一八七○年)二月，兵部省内设置海军局、陆军局。海军局负责处理有关军舰、运输船、各藩舰船、海军操练所、海军设施等事务；陆军局负责处理有关陆军的一切军务。从此，海陆军实质上已各成系统。
明治四年(一八七一年)七月，对太政官制进行了大幅度的改革，太政官由正院、左院、右院组成，正院由太政大臣、左右大臣和参议构成，总揽立法、司法和行政大权，位居各省长官之上辅佐天皇。三条实美任太政大臣，总揽政治、军事大权，是天皇的最高辅佐者。
太政官下辖大藏、工部、兵部、司法、宫内、外务、文部等七个省，各省的组织机构进行了整顿和扩充。兵部省长官仍是兵部卿，负责处理“陆海军兵力的扩充、海防、守备、讨伐、派遣、兵学、操练”等事务，并进一步明确规定了其职权范围包括军政和军令两个方面。还第一次明文规定担任兵部卿者其“原军衔需为少将以上”，并实行武官专任制。炽仁亲王取代嘉彰亲王就任兵部卿。
兵部省内分别设立了海陆军专管军务的机构。海军部设有秘史局、军务局、造船局、水路局、会计局；陆军部设有秘史局、军务局、炮兵局、筑造局、会计局。
当时，兵部省办公厅设在皇宫和田仓门外，而海军的有关部局多数在筑地地区，这里是德川幕府海军设施旧址。兵部省分为海陆军省的主要原因是，海陆军军务不断扩大和复杂化，两者合在一起不方便，以及当时海陆军独立的趋势所迫。
陆军省和海军省的分立 明治五年(一八七二年)二月，撤销兵部省，设立了陆军省和海军省。这两个省除均设有卿和大辅之外，基本上承袭了兵部省陆军部和海军部的组织机构。
胜海舟
陆军省和海军省成立时，陆海军卿的职位本来空缺，胜安芳为第一任海军大辅，不久就成为第一任海军卿。原兵部大辅山县有朋转任陆军大辅，接着出任第一任陆军卿。这个时期，陆海军卿的任用资格无明确规定，就任时，胜安芳是文官，山县有朋是陆军中将。
山县有朋
陆海军省分立是为适应陆海军扩充发展的要求和提高工作效率，但在它的背景中，却有当政者重视军事的思想和藩阀等陆海军中坚势力的对立情绪起着潜在的作用。
一直沿用的“海陆军”也改称为“陆海军”了。此后，陆军省和海军省都在逐步地改革和整顿自己的机构。根据明治九年(一八七六年)一月制定的陆军省官职及事务章程，“陆军省管理有关陆军兵马的一切事务”，规定陆军卿“由将官担任”，其职权是“统率陆军所属的军人和文职人员，总管一切事务。”
根据海军省官职及事务章程，海军省“管理有关海军战舰的一切事务”，海军卿的资格无明文规定，其职权是“统率海军所属的军人和文职人员，总管一切事务。”
这一时期天皇直辖的军队寥寥无几。戊辰之役之后，军权实际上仍在藩主手中。明治四年(一八七一年)二月才由萨摩、长州、土佐三个藩提供的一万名兵士编成天皇直辖的陆军军队。同年撤销藩，设置县，并建立了东京、大阪、镇西、东北四个镇台 [ 译者注：明治初期部署于各个防区的部队。相当于后来的陆军师。 ] 。明治六年(一八七三年)一月又增设了两个镇台，同年末兵力已达三万一千六百八十人。
另外还组建了一支舰队，由各藩奉献、购入和接收德川幕府的军舰编成。明治五年(一八七二年)二月海军省设置之日，它管理的大小舰船共十七艘，一万三千八百三十七吨，明治八年(一八七五年)六月已有二十三艘舰艇，约一万八千吨。
讨伐总督 如上所述，陆海军的军政、军令是通过各自的一元化组织机构实施的，天皇的军事大权又在太政大臣辅佐下行使。但是，在佐贺之乱 [ 译者注：1874年佐贺县士族由于不满废止带刀和家禄等特权的政策，发动的反政府叛乱。 ] 、远征台湾和西南战争 [ 译者注：1877年在日本西南部的九州地区发生的最后的、也是规模最大的国内战争。 ] 中，陆海军一切军事事务以及将官以下人事安排均交由文官讨伐总督承办。
大久保利通
明治七年(一八七四年)二月，前参议江藤新平等发动佐贺叛乱，参议内务卿大久保利通立即被派往现地予以镇压。这一时期，大久保不仅握有司法和行政大权，而且天皇还赋予他在军政、军令上也可发号施令的权限。此后，东伏见宫嘉彰亲王被任命为讨伐总督，有关讨伐的陆海军一切军事事务以至人事、募兵、编制等均委任总督承办。
有栖川宫炽仁亲王
明治十年(一八七七年)二月，西乡隆盛等人在鹿儿岛举兵北上，讨伐总督有栖川宫炽仁亲王也受权承办陆海军有关讨伐的一切军事以及人事事务。此次战争期间，天皇赴京都，由陆军中将鸟尾小弥太指挥了行宫的军人。
讨伐总督的这种军事行为，在上述权限内，不需要太政大臣的辅佐，也不允许陆海军卿干预。这件事实表明，在发生事变以及战时，将新产生一个独立于太政大臣和陆海军卿的军事机关，造成政治和军事一元化组织的破坏，这是需要重新研究以往的军事组织的一个原因。
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