抗日战争时期的行营以及行辕，都是国民政府军事委员会的派出机构，与各战区司令长官司令部、绥靖公署等完整的军政机构不同，行营在机构设置上较为简单，除个别情况外，多以传达命令、汇报情况、综合协调为主业，对各战区来说是一个指导机构而非指挥层级。
1937年7月“七七事变”爆发后，军事委员会就在石家庄设立行营，以军委会办公厅主任徐永昌为行营主任，协调开赴北平前线各部队的交通和后勤情况，并督导、指挥各部队作战，随着战局变化又调整为保定行营，并在成立战区之后撤销。
随着抗战规模的不断扩大，军事委员会于1938年11月又在桂林和天水（后移驻西安）两地分别设立行营，指导各战区作战。这两个行营对各战区具有实际指挥权，以桂林行营为例，主任白崇禧负责第3、第4、第7、第9四个战区的作战，不仅可以发布作战命令、作出会战总结，还会召开行营级的军事会议，对本行营范围的作战方针和军政大事发号施令。1939年12月的桂南会战，便是由桂林行营负责统一指挥的。
1940年抗战进入对峙阶段，上述两个行营逐次撤销，改组为以传达命令、督导军政为主要任务的军事委员会桂林办公厅和西安办公厅。在此前后，军委会又陆续成立了成都、西昌、赣州、昆明、汉中5个行营（辕），这些机构大致可分为两种情况：一为中央政府及军委会插手地方政权的工具，如在西康省，割地自雄的省主席刘文辉与中央派遣的西昌行辕主任张笃伦同时发号施令；一为明确重要将领地位的标志，如第三战区防区突出于中日两军阵线，所部多呈孤悬之势，任命其司令长官顾祝同为赣州行辕主任，有利于他统一指挥东南地区的军政事宜。随着抗日战争胜利，行营和行辕也随之发生变化，部分机构成为地区受降机构，另一部分重新改组为地方绥靖机构。
附：行营组织系统表
军事委员会委员长驻武昌行营
武昌行营于1935年3月1日在湖北武汉成立，负责河南、湖北、安徽省境的作战指导和编练工作。1938年6月14日裁撤。
军事委员会委员长驻重庆行营
重庆行营于1935年10月3日在四川重庆成立，负责四川省境驻军的作战指导和编练工作。1938年2月移驻成都。1939年2月1日裁撤。
军事委员会委员长驻广州行营
广州行营于1936年9月26日在广东广州成立，负责处理“两广事变”结束后的善后事宜，以及广东、广西省境驻军的编练工作。1937年8月20日改组为第4战区司令长官部。
历任主任：
何应钦（抗战全面爆发时 - 1937年8月20日）
军事委员会委员长驻西安行营
西安行营于1937年1月5日在陕西西安成立，负责处理“西安事变”结束后的善后事宜，以及陕西、甘肃、青海省境驻军的编练工作。1939年1月14日改组为第10战区司令长官部。
历任主任：
顾祝同（抗战全面爆发时 - 1937年11月17日）
蒋鼎文（1937年11月17日 - 1939年1月14日）
军事委员会委员长驻石家庄行营
石家庄行营于1937年7月14日在河北石家庄成立，负责指导河北、察哈尔驻军的对日作战指导工作。同月20日改组为保定行营驻石家庄办事处。
历任主任：
徐永昌（1937年7月14日 - 20日）
军事委员会委员长驻保定行营
保定行营于1937年7月20日在河北保定成立负责指导河北、察哈尔驻军的对日作战指导工作。1938年8月20日改组为第1战区司令长官部。
历任主任：
徐永昌（1937年7月20日 - 1938年8月20日）
军事委员会委员长驻桂林行营
桂林行营于1938年12月3日在广西桂林成立，负责指导第3战区、第4战区和第9战区的对日作战事宜，曾指挥桂南会战。1940年5月15日裁撤，机关缩编为军事委员会委员长驻桂林办公厅。
历任主任：
白崇禧（1938年12月3日 - 19405月15日）
军事委员会委员长驻天水行营
天水行营于1939年1月10日在甘肃天水成立，负责指导第1战区、第2战区、第8战区、第 10战区、冀察战区和鲁苏战区的对日作战事宜。2月移驻西安。3月，副参谋长张谞行、军训处处长李国良、副处长刘金声、军务处副处长赵翔之遭轰炸遇难。1940年5月15日裁撤，机关缩编为军事委员会委员长驻西安办公厅。
历任主任：
程潜（1939年1月10日 - 1940年5月15日）
军事委员会委员长驻成都行营
成都行营于1939年2月8日在四川成都成立，负责四川驻的督导和编练事宜。1946年4月23日裁撤。
历任主任：
贺国光（1939年2月8日 - 1940年11月15日）
张群（1940年11月15日 - 抗战胜利时）
军事委员会委员长驻西昌行营
西昌行营于1939年2月14日在西康西昌成立，负责边防督导和联络工作，该机构仅辖总务组、第1（军事）组、第2（经理）组和调查组。1946年4月23日裁撤。
历任主任：
张笃伦（1939年2月14日 - 抗战胜利时）
军事委员会委员长驻昆明行营
昆明行营于1939年12月21日在云南昆明成立，负责边防督导和云南驻军的编练工作。1945年10月2日裁撤。
历任主任：
龙云（1939年12月21日 - 抗战胜利时）
军事委员会委员长驻赣州行营
赣州行营于1945年1月1日在江西赣州成立，负责指导第3战区、第7战区和第9战区的对日作战事宜，曾指挥江西、浙江地区的反攻。10月2日裁撤。
历任主任：
顾祝同（1945年1月1日 - 抗战胜利时）
军事委员会委员长驻汉中行营
汉中行营于1945年2月11日在陕西汉中成立，负责指导第1战区、第5战区和第10战区的对日作战事宜。9月1日裁撤。
历任主任：
李宗仁（1945年2月11日 - 抗战胜利时）
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