在平定准格尔战争还未完全落幕时，由于乾隆对南疆政策的失误，使回部的白山派从新壮大起来，大小和卓迅速地就举起了反叛清帝国的大旗。乾隆一方面急于在经过长期艰苦的对准格尔的战争后恢复秩序，一方面抱有对回部的轻视------毕竟就在不久以前，那个叛乱的大小和卓兄弟布拉尼敦和霍集占还是由于清军的解救才被从拘禁下解救出来，于是命定边将军兆惠在无充分准备的情况下，迅速进军霍集占所据守的叶尔羌，以期一战而定天山南北。
兆惠，满洲正黄旗人，在乾隆期的准格尔战争和大小金川等战争中，多次立下过战功，因平定准格尔战争中屠杀准格尔人而被历史学家视为凶残的屠杀者，是乾隆期的重要的军事将领。
1758年七月，兆惠帅八旗精锐部队京师锐健营到达南疆，和其余额鲁特，八旗，绿营，索伦等军驻防在伊犁等地。期间集结军队，收集物资，准备进军叶尔羌。此时，乾隆给兆惠下了一份谕旨，严厉指责他“不愿前行，意图观望”。在受到皇帝的强大压力下，兆惠匆匆带领800人前往阿克苏，在集结了4000军队以后，不待其余部队和物资来临，兆惠又仓促进军，开始了这次几乎令他全军覆灭的黑水之战
此次进兵叶尔羌的清军由4000人组成，其中的主力是跟随兆惠从京师来到新疆的八旗锐健营，这是在第一次金川战争后组建的八旗的精锐部队，也可以说是当时八旗军中甚至中国各军队中最为精锐的部队，他们以火枪和弓箭为主要作战武器，是一支轻装的步骑混合部队。除了锐健营，其余的部队也都是参加过平准战争的绿营，索伦呵其他八旗军队，总之是一支作战经验丰富，意志坚强，不畏困苦的部队。
大和卓布拉尼敦住房在喀什葛儿，小和卓霍集占驻防在叶尔羌，互为支援。其中叶尔羌为南疆重镇，城大人多，有12座城门。霍集占的军队有2万多人，骑兵众多，也拥有很多的火枪，他割掉野外的庄稼，把人民集中在城中。坚清壁野，重兵以待清军。
1758年的十月份，在经过1000多里的艰苦的戈壁行军后，兆惠来到了叶尔羌附近。为了防止喀什葛儿的大和卓从 背后袭击清军，他令副都统爱隆啊分兵600人向西前行以扼守喀什葛儿方向。自带3000多人直抵叶城。
此刻的清军，孤军深入，人困马乏。战马只剩1000多匹，由于匆促出兵，火枪所用的枪子和弓箭也携带不多，所幸的是粮食还有不少，足够全军两个月的食用。清军在稍事调整后，10月13日就向叶尔羌发动进攻，开战不久，就占领了城墙附近的土台。和卓军退入城中，凭借城墙，发火枪抵御清军的进攻。清军既没有大炮和其他攻城的器械，无法进攻城墙。又由于人数太少，无法包围叶城，开始陷入进退维谷的窘境。兆惠在深思熟虑后，决定在城郊的黑水河（叶尔羌河）畔靠近水源的一处树林中扎营呵敌军相持，这样既可以防止被优势敌军合围而缺水，也可以防止敌人用骑兵冲击。
立营数天后，靖逆将军纳穆札尔和参赞大臣三泰帅200名士兵，奉旨前往敌前以取代兆惠。行至叶尔羌地域时，遭到3000名维军骑兵围攻，全部阵亡。兆惠全军与后方道路已经隔绝，完全成了孤军。
立营7天后，兆惠通过侦查，得知霍集占在城南的英奇山放有牧群，于是决定亲自带领1000健锐营士兵前往夺取马匹和其他牲畜，用作乘骑和军粮。1758年10月20日，在夺取了黑水河上的渡桥后，兆惠先行渡过河去，1000清军随即相继渡河，以攻打畜牧场。在刚刚渡过400人后，桥梁由于年久失修，轰然断裂，清军被河水分割与两岸。此时，城中的维吾尔军队出动1.5万步兵和骑兵，把渡过河的清军团团围住。兆惠帅400人拼死抵抗，不停的用弓箭和火枪射击蜂拥而至的敌军，前后杀伤1000多人。怎奈敌军太多，守备高天喜，统领额实，侍卫特通额，副都统三格先后战死。清军被分割包围。不多会，所挈带的弓箭和火枪枪子都已用尽，兆惠的面部呵腿部负伤，坐骑也两次中枪倒毙，渡河的清军陷入了绝境。
当此关头，剩余的清军用马刀等短兵器一面与敌军格斗，一面人自为战，突围到河边，浮水逃生，仅余不足一半人逃回了营寨。霍占集指挥军队，乘胜直扑清军的黑水营。兆惠军营寨外所挖的壕沟很浅，临时搭建的寨磊也很低矮粗糙。敌步骑军毫不费力的踏过壁垒，直接攻击清军。3000余清军不到1天时间就用光了弓箭和火枪枪子，但依托这有利地形—树林，他们用刀矛肉搏，奋力的与敌人作战，杀伤大量的维吾尔军。霍占集日夜不分的进攻，激烈的战斗持续了5天。在遭到大量伤亡后，叶尔羌军的攻势被迫停了下来。于是在清军营寨外修筑壁垒，准备长期围困，等清军粮尽。
形势危急，兆惠遣7人分两批突围出去，携带告急文书奔赴阿克苏。阿克苏将兆惠军的危急情况上报乾隆。
在清军的拼死抵抗后，维军重兵围困，并掘黑水河试图湮灭清军。清军在营寨中挖掘排水沟，化解了这一险情。于是维军每日释放火枪，杀伤被围清军。弹丸射入树干中，清军挖开树干，得到大批弹丸，用以回击敌军，于是用火枪稳固了营寨，暂时度过了危机。
立营20多天后，出现了转机。不肯附和叛乱的和卓家族的别克额色伊等联合柯尔克孜布鲁特进攻英吉沙。叛军十分惊恐，怀疑是和清军合谋而为，于是大和卓派人向兆惠请和，兆惠遵照乾隆以前的谕旨，命大和卓擒霍占集，这个是布拉尼敦无法做到的。于是兆惠只能继续被困于黑水营中。
在每日的鏖战和饥饿死亡中时间渡过了漫长的2个多月。1759年1月6日。富德帅领16000名八旗，绿营呵索伦援军终于来到了距黑水孤军约400里的忽而满。霍军5000人在此狙击清军。双方用火枪和弓箭相互射击。清军玛瑺帅骑兵用弓箭奔驰射击，突入敌军。战马中枪而死，玛瑺于是用短兵呵敌人接战，身上负伤十多处。战斗经行了4昼夜。9日在渡过黑水河后，距离黑水军还有300里路。维军集中了各处大批军队占据沿途各要点，清军几乎不能前行。救援陷入了僵局。此时当初分兵扼守喀什葛儿方向的副都统艾隆额在听闻援兵已到后，帅所分600人赶来支援。途中又遇到巴里坤大臣阿里衮所帅600人和，马2000匹，骆驼1000头的 支援部队。两军合为一处，一起奋力冲锋，所带的马驼3000一起奔驰，一时尘烟蔽日，声势大振。叛军不知虚实，向后败退。兆惠听闻援军到来，也帅军 冲出营寨，前后夹击维军。霍占集军败入叶尔羌，黑水军之围被解，这时距兆惠被围困已近过去了3个月。解围后清军回阿克苏休整，数月后集结军队完毕后进军即平定了大小和卓。
黑水之战是平回疆的重要战役，此战中由于乾隆的轻敌冒进，导致兆惠孤军在缺少弹药的情况下被优势敌军围困3个月。最后能成功获救，不被消灭，一方面由于兆惠本人的坚定地意志和丰富的军事经验，另一方面是由于乾隆时期的八旗军，特别是八旗锐健营还具有相当强的战斗力，这也算是八旗军最后的辉煌了。此后过了不久的时间八旗军就走上了衰败的道路，40多年后到嘉庆道光年间时，八旗军队已近腐败到不堪使用了。那个武功盛极一时的八旗京师锐健营也成了八旗子弟遛鸟玩乐的庇护所了。
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