1937年7月7日，日本侵略军在卢沟桥发动进攻，伟大的抗日战争全面展开。
这年8月，覃健调入延安抗日军政大学第三期学习。当时，由于校内宿舍有限，加之为了防空，新来的学员要自己挖窑洞建校舍。工程虽然艰巨，但覃健始终情绪高涨，积极地参加了建校劳动。学习开始后，他对政治学习感到很迫切，终日读书钻研，勤学多问，进步较快。学了近两个月后，他又从普通班调到教员训练班学习，为抗大培养新的教员队伍。覃健感到自己的文化、理论基础差，怕今后当不好教员。领导动员说：培养抗日人才，是红军老同志义不容辞的光荣任务。于是，覃健愉快地投入新的学习。
抗大毕业后，覃健想回部队工作，但未能如愿。他被留校担任抗大第四期第一大队第二队的队长兼军事教员。这时，抗大已从延安移至瓦窑堡。
由于抗日战争形势的发展，前线需要大批干部。未等第四期毕业，覃健就调任八路军第——五师三四四旅六八八团副团长。他于1938年7月7日离开延安，奔赴抗日前线。
1938年夏，杨得志任第三四四旅副旅长、代理旅长职务（旅长徐海东因病休养），旅部驻长治附近高平县安昌村。9月中旬，在杨得志的指挥下，覃健率第六八八团由晋东南沁水地区，进至平汉路东，与第一二九师青年纵队、新一团以及第六八九团，组成漳南兵团，由王新亭、杨得志统一指挥，南下开展豫北平原地区的抗日游击战争。
9月下旬，在漳南战役中，第六八八团、六八九团在杨得志的指挥下，把在汤阴西部伪军扈全禄部击垮，俘敌1400余人，解放了滑县。经1个多月作战，建立了安阳、汤阴、内黄等县抗日民主政权。
在那次战役中，盘踞在汤阴地区的土匪司华生部，在八路军的争取下接受改编，司华生任汤阴县大队大队长。但在八路军主力撤离后，司华生匪性不改，策划叛变。覃健奉旅首长的命令，率第六八八团一部进驻汤阴，智缴司华生部武装，遣散了司部大部人员，重新组建了汤阴县大队，并由六八八团派出教导员等干部，加强了对汤阴县大队的领导，使这支武装重新回到人民手中。
11月中旬，抗日部队国民党鲁西北专员范筑先部，遭日军围攻，范筑先壮烈殉国，鲁西局势动荡。12月中旬，覃健率第六八八团一部开向鲁西，进入朝城、阳谷地区活动。
在这期间，覃健率部在范县、鄄县、濮县等地，收容了范筑先旧部第十三支队。根据旅部指示，覃健以第六八八团的两个连为骨干，将范部第十三支队和王道平领导的陇海抗日游击队400余人，编为第三四四旅特务团（对外称八路军第一一五师挺进纵队），由覃健任团长，常玉清任政治委员。特务团活动于菏泽、东明、曹县一带，开展抗日游击战争，创建革命根据地。
为了建立冀鲁豫边区抗日根据地，统一鲁南和鲁西抗日武装部队的指挥，1939年4月上旬，上级将活动于该地区的第三四四旅特务团、独立团、黄河支队、冀鲁豫第五支队等部，合编为冀鲁豫支队，杨得志任司令员，卢绍武任参谋长，崔田民任政治部主任。下辖3个大队，共约2000余人。覃健所在的特务团，改编为冀鲁豫支队第二大队，覃健任大队长。至1939年底，冀鲁豫支队发展到7000余人。
冀鲁豫支队成立后，覃健率第二大队在山东曹县一带，广泛发动群众，开展抗日宣传。在中共地方党组织的协助下，争取了国民党曹县县长王贯一转向支持抗日斗争，打击了国国民党县党部李文斋部的反动武装。覃健率部攻打曹县东南的高辛庄，活捉恶霸地主、汉奸高圣君，俘高部300余人，缴长短枪300余支。还袭击了民权县城北的王桥镇伪军据点，歼伪军1个中队。这次战斗后，在支队参谋长卢绍武的指挥下，覃健率第二大队进击国民党曹县县党部所在地青固集，全歼了这支顽固武装。覃健率部以多打胜仗的实际行动，扩大了八路军的影响，得到了广大人民群众的拥护与支持。
4月下旬，冀鲁豫支队集结第一、第二、第三大队的兵力，从曹县东南出发，远程奔袭日伪军重要据点金乡县城。25日，各大队隐蔽集结于金乡城外，支队令第一大队从西门实施主攻；第二大队覃健所部以一部兵力从城东南助攻，主力担负对西南之单县、成武方向警戒打援任务；第三大队以1个营对济宁、兖州方向警戒，主力从城东北攻击。
26日零时，各大队按计划发起攻击，迅速突入城内，大胆分割穿插，激战4小时，一度占领城关各交通要点。但因守城日伪军凭坚固工事死命顽抗，未能最后解决战斗。天将拂晓时，支队令各大队撤出战斗。在这次战斗中，毙伤日伪军150余名，俘伪军100余名，缴步枪100余支。
进攻金乡之战，虽未能攻克金乡县城，全歼守城日伪军，但打击了敌人的嚣张气焰，极大地鼓舞了冀鲁豫边区人民的抗日信心。
狂妄自大的驻曹县日军司令河野，于6月下旬率日伪军300余人，携九一式山炮1门，向驻在曹县东南的第二大队进犯。覃健当机立断，决心给日伪军以迎头痛击。他要大队政委常玉清率主力第二、第三中队（相当于营），抢占有利地形，正面迎击敌人的进攻；覃健自己亲率第一中队向武楼方向侧击敌人。当敌向第二、第三中队猛攻时，覃健指挥第一中队从侧后向敌人开火。日伪军遭受前后夹击，200余人被毙伤或俘虏，河野仅带30余人狼狈逃回县城。
6月30日，在冀鲁豫支队司令员杨得志的指挥下，覃健率第二大队参加了攻打定陶县城的战斗。战斗打响后，支队官兵向县城猛攻，激战3个小时，歼灭城内顽军保安武装500余人，仅顽县长姚宗礼率少数骑兵逃脱。定陶战斗的胜利，给醉心于制造反共摩擦的国民党顽固派以应有的惩罚。 ⑤
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