就财政的中央-地方关系而言，改革开放以来经历了两个大的阶段，以1994年的分税制为分界点。分税制以前，政府间普遍采用的是财政包干制，上下级政府间每年或者几年都要就包干的形式、基数、超收分成比例进行讨价还价。这为各级政府对上“利己”、对下“利他”的“放水养鱼”行为提供了一个基本的制度背景，也是典型的财政分权效应。
而1994年的分税制将中央与地方的税收分配比例固定化了，一劳永逸地消除了上下级讨价还价的局面，而且通过这种比例将大部分财政收入集中到中央，所以我们说分税制既是一种制度化、规范化的改革，又是一种集权化的改革。
改革以前，中央和地方财政收入是三七开的比例，而改革后则变成了倒三七开，由于中央和地方财政支出的比例并没有改变，所以大部分地方支出要依靠中央政府的转移支付。所以说，改革前后中央-地方关系发生了实质性的变化，即从改革前讨价还价的关系变成了改革后地方主要依靠中央拨付转移支付补助的关系。地方对中央的财政依赖大大加强了。
在地方各级政府之间，分税制的效应层层传递，造成了下级财政对上级财政的制度性依赖。在这种局面下，基层政府的财力大小主要看上级拨付的转移支付量的大小，所以造成了中部地区的县乡困难、东部地区和西部地区的县乡财政相对宽裕的局面。这种局面构成了我们理解政府和企业、政府和农民关系的基础。
由于制造业企业上缴的主要税收是增值税，而分税制规定增值税75%归中央，25%归地方，所以在分税制以后，地方政府能够从企业上收取的地方税收大幅度下降。在这种局面下，我们在1990年代中期看到了地方乡镇企业大规模倒闭、转制的高潮。以前“养鸡下蛋”的“鸡”下的蛋大部分变成了中央政府的收入，所以地方政府失去了经营乡镇企业的热情。
事实上，我们普遍可以看到，分税制以后增值税已经完全不构成地方财政收入的主体税收。地方的主体税收迅速转变为被100%划为地方税种的营业税。营业税主要来自于建筑业和第三产业，这有助于我们理解90年代后期以至到今天仍然过热的地方基础建设投资热潮以及各种以“大兴土木”为主的政绩工程。
地方政府的这种反应是预期之中的结果，预料之外的结果则是东部地区的地方政府开始开辟税收之外的财政收入来源，即“圈地”和“以地生财”。由于政府垄断了土地的一级市场，所以可以低成本地从农民手中获得土地，以高价格在土地二级市场卖出去，从中获得了巨额的土地转让收入。
据目前的研究，东部地区许多县市政府的土地收入相当甚至高于其地方财政收入规模。由此可以看出，地方政府剥夺农民土地、吸引企业和地产商占地的行为只有通过有分税制以来形成的政府间关系才可以得到较深层次的解释。
相对于东部地区而言，中西部地区的主要矛盾是政府和农民的关系。分税制改革集中了地方政府的大部分工业税收，使得中西部地区的县乡基层政府主要依靠农业税收和“三提五统”等农民负担来维持其财政开支。这是我们看到在1990年代中期以后农民负担问题日趋严重的深层次原因。农民负担问题的实质是政府间财政关系造成的。
2002年以来的税费改革表面上是减轻农民负担的改革，其实质是对中央-地方财政关系的改革。要做到农民负担减轻之后不出现反弹，不陷入“黄宗羲定律”的怪圈，关键是要让基层政府的财政开支有相对稳定的来源。所以税费改革的主要内容是中央政府向县乡两级拨付了数额巨大的“税费改革转移支付”，由中央财政来支付改革的成本。
在这种努力之下，国家和农民的关系发生了根本性的变化，农民有史以来第一次不用交农民负担乃至“皇粮国税”。但是，改革的意外后果仍然发生在政府间的财政关系上。
由于改革以后乡镇政府几乎所有的财政收入都是上级的转移支付，这造成了两个后果。第一是这种转移支付的预算约束非常僵硬，乡镇政府基本失去了安排财政预算支出的权力，只有“吃饭”支出，没有“办事”支出。
第二，农村的公共服务缺少人力和财力的支持，，大部分用于公共服务的转移支付资金停留在县城一级而无法“下乡”，使得乡镇基层政府基本上脱离了和农民的联系，过去是“收钱收税”，现在则是不收钱、不办事。国家和农民的关系开始由过去的“汲取型”向“悬浮型”转变。
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