经絡学说在临床上可用于诊断疾病，当然了，这应该来说是个费神和要求手感细致的活儿，也需要经验的积累，具体来讲可分如下四个方面：
人体内脏的某些病变，可以通过经絡的联系反映于外，表现为颜色的改变。《 灵枢·五阅五使》篇说：“肝病者眦青 ，脾病者昏黄，心病者颧赤，肾病者颧与颜黑。”《灵枢·经脉》：“凡诊络脉，脉色青则寒且痛也，赤则有热，胃中寒，手鱼之络多背矣，胃中有热，鱼际络赤，其暴黑者，留久癣也，其有赤有黑有青者寒热气也，其背短者，少气也。”均说明望色诊断与经络分布有关。
《素问·三部九候论》中将切脉的都位分为上、中、下三部，每都又有天、地、人三候，共为九候。 另外尚有三部合参法：上部诊足阳明胃经的人迎，中部诊手太阴肺经的寸口，下部诊足阳明胃经的趺阳。现代则多采取切按桡骨动脉的独取寸口法。遇有危重病人时，除诊“寸口”外，尚需兼顾足阳明胃经的趺阳和足少阴肾经的太溪以观察先、后天之气的盛衰。但无论是三部九候、三部合参或独取寸口，所切按的部位均为经脉循行线上的动脉应手处。由此可见，经脉与脉诊的关系是十分密切的。
按照经络循行的部位，观察病人的临床表现，进而判断病属何经，即所谓按部寻经。《 灵枢·邪气脏腑病形》篇说：“面热者，足阳明病；鱼络血者,手阳明病；两跗之上脉竖陷者，足阳明病，此胃脉也。”就是根据不同部位出现的异常表现观察病属何经的方法。临床中这样的例子很多，例如乳痈一证，痈在乳房多属阳明经病，乳中痈则病在足厥阴肝经。这样可以做到见病知经，据经选穴进行治疗。
循经诊察还包括通过相关经络上出现的阳性体征了解相应内脏的病理改变，从而决定治疗方针。具体方法可以用手指循经按压，依据经络循行线上出现的压痛、皮下结节或皮下组织的隆起、凹陷、松弛等变异，作为诊断疾病的佐证。近年来用经络测定仪对十二经的有关输穴进行测定，以测得的数值高低作为经络诊断的参考，也是一种循经诊察的方法。
即按压体表的某些穴位诊断与其相关的内脏疾病。《灵枢·刺节真邪》说：“用针者，必先察其经络之实虚，切而循之，按而弹之，视其动应者，乃后取之而下之。”《灵枢·背腧》也说：“欲得而验之，按其处，应在中而痛解”，以及一些经外奇穴的按压（子宫穴、阑尾穴等）都是扪穴按压以诊断疾病的方法。现代则普遍采用按压背俞穴、募穴、郄穴等特定穴有无阳性反应，作为诊断的依据。
据经论治是经絡学说应用于临床的主要方法。在针灸治疗中，可以在病变临近部位选取穴位，也可以根据“经脉所过，主治所及”的道理，选取远隔部位的腧穴进行治疗。两者相较，以循经取穴为常用，根据经脉的循行规律可以采取上病下取、下病上取、中病旁取、左右交叉等方法取穴。譬如：临床常见的头痛，治疗中除选取疼痛局部的腧穴外，往往在远隔疼痛部位循经取穴以增强疗效。太阳经头痛除局部选刺攒竹等穴外，还应配合手部后溪或足部昆仑；阳明经头痛，局部刺头维，并配合手部合谷或足部内庭；少阳经头痛则多取局部风池配合手部中渚或足临泣等穴治疗。
除上述的循经取穴、据经施治的方法之外，若病痛侵及经筋时，多表现为经筋所过所及的一些部位出现拘挛、强直、肿胀、抽描等症，治疗上宜局部选取阿是穴。经络郁滞、痹阻为患，可用刺络放血法，点刺络脉出血以直接泻其邪气。皮部是经络系统的重要组成部分，病在内脏或经络也可以刺表浅皮部进行治疗，如循经刮痧、走罐等等。
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