1971年9月，由于和林的关系密切，时任空军第一副司令兼国防科学技术委员会第一副主任的王秉璋被关押审查。

1981年，王秉璋获释，并得到了妥善安置。

晚年的他，生活无虞，但遗憾的是他的身份依旧敏感，在公开报道中，他的名字被刻意回避。

2005年，王秉璋因病去世，生前立下遗愿：一定要等到组织上给他平反，才能将他的遗体下葬，但是组织上并未给他平反，所以他的遗体也一直处于冰封状态，没有下葬。

2017年，组织上终于给他的历史问题下了结论，平了反。开国中将、革命功臣、“两弹一星”的幕后元勋——王秉璋的遗体终于入土为安。