结肠直肠癌的治疗仍以手术切除为主。以外科手术的方式尽可能切除肿瘤部份，以达到治疗成效，如果病灶附近淋巴结也受到感染，会一并切除。
..手术前的准备：
大肠是消化道的下段，其中含有许多食物残渣和细菌，所以手术前会给予泻药、抗生素及灌肠将肠道清洁干净，避免手术中的污染及感染。
..若肠穿孔、肠阻塞或腹膜炎则无法进行手术前准备：
肠穿孔、肠阻塞、腹膜炎时不仅无法进行手术前准备，在病兆切除时，常无法进行肠吻合，而必须进行人工肛门手术(又称「肠造口」)。这种暂时性的人工肛门，等一段时间(约三个月以后或更久)，再将人工肛门缝合起来把肠子接回去，让肠道的功能重新恢复正常。
..直肠手术：
对于直肠癌，一方面要考虑足够的安全切除距离，另一方面又希望保留患者肛门，而且直肠位在狭窄的骨盆腔内，手术操作不易，因此手术的方式考量也较多。位在直肠较上端的肿瘤，手术切除通常是经由腹部前下方剖开来进行，叫前位切除(Anterior Resection；AR)或低前位切除（Low Anterior Resection；LAR），手术肠道可以再接起来，病人仍然可以保有自己的肛门。但如果肿瘤长的太接近肛门，切除时为了能将癌细胞彻底清除，手术得由腹部和会阴处进行，将直肠下端连同肛门一并去除，这种手术方式就叫做腹部会阴切开术Abdomino Perineal Resection；APR）；这时候病人就得做个永久性人工肛门(又称「肠造口」)以取代肛门的功能。直肠手术时有时会牺牲支配膀胱的神经就有可能影响排尿功能。也可能会牺牲到男性病人阴茎勃起或射精的神经，而造成暂时性或永久性的性功能障碍。
..人工肛门：
人工肛门手术（肠造口术）是在肠道在腹壁上的开口，是将结肠拉出于腹壁做一开口为排泄之用，以替代原来肛门的功能。 造口种类分为：
1、永久性造口(permanent Colostomy)
因肠道系统末端之病变，如肛门癌或低位直肠癌，无法保留肛门，须做排便改道，而做永久性的造口。
2、暂时性造口(temporary Colostomy)
(1) 保护作用：
肿瘤位于结肠末段，为了让肠吻合的伤口先修复，避免接合处受到粪便污染而引发伤口裂开或感染。
(2) 减压作用：
避免肠阻塞造成肠破裂及引发败血症。
(3) 促进伤口愈合：
会阴部严重外伤、感染、或重建手术后，须排便改道促进伤口愈合。
当以上问题解决，便将造口关闭，恢复正常肠道功能，此暂时性造口至少维持数个星期以上甚至数年。虽然造口手术对身体外观而言是一大改变，但对治疗疾病挽救生命是绝对值得而必须的。
..手术后的影响：
手术切除会因为肿瘤长的位置而对身体的功能或疼痛感有不同层面的影响。
..手术后的照顾：
1、深呼吸及咳嗽可使肺部扩张，减少发烧及肺部合并症的产生。
2、手术后鼻胃管留置一段时间，等排气后考虑拔除。而定期翻身、早期下床活动，可以促进肠蠕动及排气，降低肠沾粘的机会。
3、手术后会有伤口疼痛等不适情形，假如疼痛厉害可依医嘱给予止痛剂使用，如：经肌肉或静脉注射(每隔4-6小时)或PCA（经静脉注射）或PCEA（经脊髓硬膜下注射）。
..饮食：
术后需要等肠蠕动恢复后才能进食，出院后一至二个月都需选用低渣、软质饮食，且要少量多餐，以免造成肠道的负荷。对于食物的选择并没有什么限制，但是应以容易咀嚼、容易消化为原则。当胀气时，则应减少容易产气的豆类、蛋、奶类制品等食物。肠切除后，若是发生腹泻可能需要药物治疗。偶尔也有发生便秘者，可能也需要药物治疗。
..人工肛门的照顾：
手术后三至六个月内，要避免提重物或激烈运动，以免让腹部伤口承受代太大的张力，最好使用束腹带支撑。使用人工肛门的病人，造口附近的皮肤更要好好照顾，注意清洁问题，避免皮肤炎的发生。本院于病人术后期间，会有负责人工肛门造口照护的专业护理师主动地提供卫教及咨询服务。
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