公元前219年，即秦始皇40岁那年，他听说在渤海湾里有三座仙山，叫蓬莱、方丈、瀛洲，山上居住着三个仙人，手中有长生不老药。告诉秦始皇这个神奇故事的人叫徐福，他是当地一方士，说他曾亲眼看到过这三座仙山。秦始皇听后就派徐福带领千名童男童女入海寻找长生不老药。
徐福带领的浩大的舰队出发，但在海上漂流好长时间也没有找到他所说的仙山，更不用说是长生不老药。徐福没完成任务，回去后依秦始皇的作风一定会被杀头，于是就带着这千名童男童女漂流到了日本。
徐福虽“人间蒸发”了，但秦始皇并没有死了那份求仙的心，4年以后，秦始皇又找到一个叫卢生的燕人，也是专门从事修仙养道的方士，秦始皇派他入海寻找两位古仙人羡门高誓，都是些传说中的高人。卢生达成任务，且带回来一封信，信上有着亡秦的预言 。
另外，听说秦始皇遍寻不着的“长生不老药”，俗名就叫“太岁”，今天看起来，那是很恶心的。
到了秦始皇49岁那年，一连串怪异事件的发生了。那年是他人生的第五次大巡游，还在寻找仙药，但过程中出现不吉利天象，叫“荧惑守心”。中国古代把“火星”称作“荧惑”，二十八宿中的“心宿”简称为“心”。“心宿”就是现代天文学中的“天蝎座”，主要由三颗星组成。当火星运行到天蝎座三颗星的附近，并在那个地方停留一段时间，就出现了中国古人常说的“荧惑守心”天象。这种天象为皇权做出的解释是：天蝎座三颗星中最亮的一颗代表皇帝，旁边一颗代表太子，一颗代表庶子。这就意味着，轻者天子要失位，重者就是皇帝死亡。
该秦始皇感到很恶心了，更恶心的是，不久又出现第二件怪事，一颗流星坠落到了东郡，陨石上面还刻有“始皇帝死而地分”的字。这七个字非同小可，它代表了上天的旨意，预示着秦始皇将死，大秦帝国将亡。消息像长了翅膀一样，迅速传到了秦始皇耳中。秦始皇当震惊不已，立即派御史到陨石落地处，逐户排查刻字之人，结果一无所获。暴怒的秦始皇下令：这块陨石旁所有的人家处死，并立即焚毁这块刻字的陨石。
就是这块焚烧过的陨石：
第三件事是，这年秋天，一位走夜路的使者从东经过华阴，忽有一个人手持玉璧将其拦住，并对使者说，请替我把这块玉璧送给浩池君，还对使者说：“今年祖龙死。”使者莫名其妙，急问他何意，但这个奇怪的人没做任何解释，转眼就消失在夜幕之中。使者带着玉璧回到咸阳，立即向秦始皇做了汇报。秦始皇听后，第一反应就是这句话中的“祖龙”指的是自己，他沉默了好一会儿才说，山鬼至多知道一年之事。
退朝之后，秦始皇对别人解释说，“祖龙”是指人的祖先。其实，很多人都认为“祖龙”是指秦始皇，祖，始祖，龙，即为天子，不是他是谁？毛泽东就写过一诗送郭沫若：“劝君少骂秦始皇，焚坑事件要商量。祖龙魂死业犹在，孔学名高实秕糠。百代都行秦政法，十批不是好文章。熟读唐人封建论，莫从子厚返文王。”就把“祖龙”当秦始皇，力推秦始皇，贬低儒家孔子为无用的“秕糠”。
“祖龙”指的根本不是什么“人的祖先”，就指他，但秦始皇忌讳，故胡乱解释一通，以掩盖内心惶恐，然后，派人将使者捎回来的玉璧送御府去察验。鉴定的结果是，这块玉璧竟然是秦始皇10年前巡游渡江时，祭祀水神而投到江水中的那块。10年前祭祀水神的玉璧怎么会被一个不明身份的人给送回来了呢？
一年中连续发生三件怪事，让秦始皇心里非常郁闷。他为这些事专门举行了占卜，得出结果是，出巡和迁徙百姓才能避凶趋吉。于是，秦始皇下令迁移三万户人家到北河、榆中地区，并且给每位迁徙户赠了爵位（《史记.秦始皇本纪》）。
秦始皇也开始了第五次出巡，但是，到达平原津（今山东平原县西南）时，他突发重病，“上病益甚”。在古代文献中，一般较轻的病只称“疾”，只有重病才称“病”，等于说下了“病危通知书”。此时秦始皇已感到不妙，才“为玺书赐公子扶苏”，写了加盖玉玺的诏书给公子扶苏，召长子扶苏回咸阳主持丧葬。《史记·李斯列传》记载得很详细：病甚，令赵高为书赐公子扶苏曰：以兵属蒙恬，与丧，会咸阳而葬。书已封，未授使者，始皇崩。书及玺皆在赵高所，独子胡亥、丞相李斯、赵高及幸宦者五六人知始皇崩，余群臣皆莫知也。
这年（前210），秦始皇病故，才49岁，应当是比较健壮的，怎么会突然死亡？由于记录秦始皇死亡的唯一文献《史记》中没有对他的病况加以记载，因此，我们今天完全不知道秦始皇得了什么病，他到底怎么死的仍然是个谜。
