[转载]Lammps并行安装全解读

 

Lammps并行安装全解读

 

这里的lammps安装是在Ubuntu11.04下安装，Ubuntu12.10和Redhat Enterprise也有成功案例。不同版本系统可能与下面一些安装包不兼容，这个要自己负责了，出错要自己排查是什么问题。非并行安装就不写了，太Easy，网上找的基本不会错。还有，我这篇文章参考了很多文章，我都记不清了，如果有人需要备注，给我留言吧。我连续研究了一周，还有零碎的时间没算进去。遇到一堆错误，看了一堆资料。有问题的也可以问我，仅限2012年以后就难说啦。

 

 

首先做下准备，把需要的软件包都找好。

1.fftw-3.3.2.tar.gz,可以到这里下, http://www.kuaipan.cn/file/id_34521031569913834.htm

2.mpich2-1.4.1p1.tar,可以到这里下http://www.kuaipan.cn/file/id_34521031569913840.htm

3.lammps.tar.gz,版本号30Aug12，http://www.kuaipan.cn/file/id_34521031569913839.htm

4. Makefile.g++, http://www.kuaipan.cn/file/id_34521031569913836.htm

 

然后检查下自己的机器是否已经安装c和fortran编译器

Linux一般有gcc，g++，gfortran和intel的fortran ,可以用which g++和which gfortran查看是否存在安装目录。

这里用ubuntu源里的g++和gfortran，保证联网的情况下用以下命令：

sudoapt-get install build-essential

sudoapt-get install g++

sudoapt-get install gfortran

无法联网的自己下载或者拷贝吧，到网上找解决办法

 

 

开始安装：

1 安装fftw

终端输入:

cd/mnt        (进入mnt文件夹)

这个是fftw临时存放文件夹，不是安装目录，服务器中最好放在自己的文件夹下面，例如cd /zhangsan/mnt

gunzipfftw-3.3.2.tar.gz         (解压文件)

源码包fftw-2.1.5.tar.gz已经拷贝在/mnt下，可通过“cp fftw全路径fftw目标路径”操作，具体参照cp命令

tarxvffftw-3.3.2.tar          (解压文件)

cdfftw-3.3.2               (进入fftw-3.3.2文件夹)

./configure --prefix=/opt/fftw --enable-float(进行安装前注册)

/opt/fftw是安装目录，可根据需要进行更改，这个路径对后面的Makefile.g++有影响，

make                       (预编译)

makeinstall                 (安装fftw-3.3.2即安装在/opt/fftw下)

 

2 安装mpich

终端输入:

cd/mnt

gunzip mpich2-1.4.1p1.tar.gz

tarxvf mpich2-1.4.1p1.tar

cd/mpich2-1.4.1p1

./configure --prefix=/opt/mpich

make

sudomake install   (mpich即安装在/opt/mpich下)

修改环境变量

cd

gedit.bashrc

在弹出的环境变量文件末尾添加下面代码：

If [-f /etc/bashrc ]; then

./etc/bashrc

fi

 

expot PATH=/opt/mpich/bin:$PATH

exportLD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich/lib:/opt/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH

注：如果你的mpich不是装在/opt/mpich下面，需要把上面代码修改成实际路径

 

3 安装lammps

cd /mnt

gunzip lammps.tar.gz

tar xvf lammps.tar

mv lammps-30Aug12 lmp

cd /lmp/src

 

查看已经安装了那些包

make package-status

需要特殊安装就

make yes-meam

make yes-reax

makeyes-peri   即make yes-*

也可以make yes-all，会因缺少文件出错所以不建议，也可都卸载make no-all

 (几个特殊的package:meam,poems,reax,gpu,user-atc需要特别安装，如下)

同时注意，因为你用的是gfortran编译器，所以里面有个Makefile.lammps的文件需要修改一下，poems不用它用的是g++编译器：

cd /mnt/lmp/lib/meam

gedit Makefile.lammps

其中

meam_SYSINC =

meam_SYSLIB = -lifcore -lsvml–lompstub-limf   画线部分改为-lgfortran

meam_SYSPATH =-L/opt/intel/fce/10.0.023/lib    删除画线部分

make -fMakefile.gfortran  (安装meam)

cd /mnt/lmp/lib/poems

make -f Makefile.g++

cd /mnt/lmp/lib/reax

gedit Makefile.lammps

其中

reax_SYSINC =

reax_SYSLIB = -lifcore -lsvml–lompstub-limf   画线部分改为-lgfortran

reax_SYSPATH = -L/opt/intel/fce/10.0.023/lib    删除画线部分

make -f Makefile.gfortran

 

下面就是重要的Makefile.g++的编译了，也可以Makefiel.serial

这里的东西比较难改，我已经做好了一个如果路径一样可以直接用我的Makefile.g++,

如果路径不一样，黑体字部分路径需要修改，先敲两行命令调出Makefile。

cd /mnt/lmp/src/MAKE

gedit Makefile.g++

开始修改

# g++ = RedHat Linux box, g++4, MPICH2,FFTW

 

SHELL = /bin/sh

 

#---------------------------------------------------------------------

# compiler/linker settings

# specify flags and libraries needed for yourcompiler

 

CC=                  g++

CCFLAGS=     -g -O # -Wunused

DEPFLAGS =  -M

LINK=               g++

LINKFLAGS =   -g-O

LIB=       

ARCHIVE=      ar

ARFLAGS=     -rc

SIZE=               size

 

#---------------------------------------------------------------------

# LAMMPS-specific settings

# specify settings for LAMMPS features you willuse

# if you change any -D setting, do full re-compileafter "make clean"

 

# LAMMPS ifdef settings, OPTIONAL

# see possible settings indoc/Section_start.html#2_2 (step 4)

 

LMP_INC=      -DLAMMPS_GZIP  #不要多加东西

 

# MPI library, REQUIRED

# see discussion in doc/Section_start.html#2_2(step 5)

# can point to dummy MPI library in src/STUBS asin Makefile.serial

# INC = path for mpi.h, MPI compilersettings

# PATH = path for MPI library

# LIB = name of MPI library

 

MPI_INC=    -I/opt/mpich/include   -DMPICH_SKIP_MPICXX

MPI_PATH=    -L/opt/mpich/lib 

MPI_LIB=        -lmpich -lpthread

 

 

# FFT library, OPTIONAL

# see discussion in doc/Section_start.html#2_2(step 6)

# can be left blank to use provided KISS FFTlibrary

# INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFTcompiler settings

# PATH = path for FFT library

# LIB = name of FFT library

 

FFT_INC = -I/opt/fftw/include     -DFFT_FFTW

FFT_PATH = -L/opt/fftw/lib

FFT_LIB=        -lfftw3f  #记不清了，这个是/opt/fftw/lib文件夹下面的libfftw*.a文件全名，查看一下对

 

# JPEG library, OPTIONAL

# see discussion in doc/Section_start.html#2_2(step 7)

# only needed if -DLAMMPS_JPEG listed withLMP_INC

# INC = path for jpeglib.h

# PATH = path for JPEG library

# LIB = name of JPEG library

 

JPG_INC=      

JPG_PATH =  

JPG_LIB=        

 

#---------------------------------------------------------------------

# build rules and dependencies

# no need to edit this section

 

include    Makefile.package.settings

include    Makefile.package

 

EXTRA_INC = $(LMP_INC) $(PKG_INC) $(MPI_INC)$(FFT_INC) $(JPG_INC) $(PKG_SYSINC)

EXTRA_PATH = $(PKG_PATH) $(MPI_PATH) $(FFT_PATH)$(JPG_PATH) $(PKG_SYSPATH)

EXTRA_LIB = $(PKG_LIB) $(MPI_LIB) $(FFT_LIB)$(JPG_LIB) $(PKG_SYSLIB)

 

# Link target

 

$(EXE):    $(OBJ)

        $(LINK) $(LINKFLAGS) $(EXTRA_PATH) $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) -o$(EXE)

        $(SIZE) $(EXE)

 

# Library target

 

lib:   $(OBJ)

        $(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)

 

# Compilation rules

 

%.o:%.cpp

        $(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $<

 

%.d:%.cpp

        $(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) $(DEPFLAGS) $<> $@

 

# Individual dependencies

 

DEPENDS = $(OBJ:.o=.d)

include $(DEPENDS)

 

保存后开始安装lammps

cd /mnt/lmp/src

make clean-all

makeserial    (lammps开始安装，最后可生成lmp_serial的可执行文件)

mv lmp_serial lmp （改名为lmp可以复制到桌面常用）

4 并行计算一example

a：终端输入

cd/mnt/lmp/examples/shear  （一定要进入需要计算文件的文件夹中）

cp /opt/mpich/bin/mpirun/mnt/lmp/e*/shear

cp /mnt/lmp/src/lmp/mnt/lmp/e*/shear  （拷贝在同一个文件夹）

mpirun –np 4./lmp<in.shear    (lammps开始计算)

 

b：终端输入（方法二，比较简单，直接给mpirun和lmp的绝对路径，不需要拷贝了）

cd /mnt/lmp/e*/shear

/opt/mpich/bin/mpirun –np 4/mnt/lmp/src/lmp<in.shear