随着食用菌生产面积的扩大，病虫害种类有增多的趋势，侵害程度逐步加重。据调查，食用菌病虫害发生较多的品种有平菇、金针菇、双孢菇、白灵菇等，主要病虫害有以下几种：
1.菇蝇 双孢菇、平菇、金针菇生产中受害严重，尤以我县东部梨区平菇栽培中最为常见。由菇蝇侵入造成的产量损失，因品种和防治而异，平菇受害率较大，高时可达50%左右。
2.螨虫 螨虫在双孢菇栽培中发现有零星发生，发生程度较轻，原因可能与生产中菇棚定期移动有关，菇农的棚菇大约2－3年移动一次，食用菌生产中土地的轮作能有效地防治螨虫的发生为害。
3、线虫 线虫近年在双孢菇、鸡腿菇等栽培品种中发现有部分发生为害，生产中常常是由于防治用药选用不当而造成危害扩大。
4.细菌性病害 在高温、高湿和栽培密度大的菇棚中发生突出，受害严重的有春双孢菇、黑平菇、金针菇等品种，病斑出现褐斑、黑斑、畸型和腐烂等症状
5.双孢菇软腐病 高温及高湿含水较多透气性差的菇棚发生严重。菇床发病处为暗绿色病菌网丝所覆盖，造成发病处出菇少或不出菇、或者菇后引起菇体湿腐而死亡。
食用菌病虫害较多，生产中应遵循以农业防治为主，药剂防治为辅的防治方针，对所发生的病虫害进行综合控制，主要措施如下：
1.及时清除被病虫侵染严重的出菇袋和茹棚内的残菇、烂菇。
2.合理轮作，活动性菇棚在使用2-3年后搬迁换址并避免多棚集中。
3.同一品种和同一大棚，不宜周年栽培，宜轮作不易感染同种类病虫的品种。如金针菇棚不宜接茬栽培草菇或双孢蘑菇，防止螨虫和菇蚊延续性繁殖。
4.利用100目的防虫网覆罩栽培棚可以有效阻止虫体大小在1毫米以上的害虫如菇蚊、蚤蝇、夜蛾、谷蛾、白蚁、蛞蝓、蜗牛等入侵，显着减少入侵虫源。在防虫网上喷施农药可杀死停留在网上的成虫，有效减少下一代虫源。
5.强化预防处理工作，如清棚、熏蒸消毒、土壤处理、拌料处理等措施可将病虫消灭在发菌和出菇前期。
出菇期间用药防治时必须选用经农业部登记的农药品种，对症下药，不可盲目用药。菇蝇、夜蛾、谷蛾、白蚁、蛞蝓、蜗牛等害虫可以用菇净（4.3%高效氟氯氰·甲阿维乳油）和氟虫腈（锐劲特）1000倍液喷雾防治；疣孢霉、木霉等可以用菇丰（30%百·福可湿性粉剂）和40%咪鲜胺及施保功500－1000倍液喷雾防治；螨虫和线虫可用菇净500－1000倍液多次喷雾防治.
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