中医起源于周，但有关内科专著则始于东汉，《内经》成于战国，但个别篇章成于两汉。《内经》系统总结了秦汉以前医学内容，并将唯物辩证法引入了祖国医学，将精气神，阴阳五行应用于基本理论和临床治疗各个方面。从而走上理论与实践相结合的道路，并且确立了整体观念，提出了脏腑，经络，气血独特的生理系统及其理论，以及六淫，七情，饮食，劳倦等病因学说和望闻问切四诊合参的诊断方法，论述了治疗和组法方药的基本原则，强调了无病先预防，从而形成了较为系统的医学理论。
东汉时期张仲景所著《伤寒杂病论》中，首创辨证论治，并具体应用到临床，其主要是通过证治来体现的，一般以六经为纲，随证治之，既有原则性，又有灵活性，具体到病情，又根据阴阳寒热虚实表里来决定治疗原则，表证宜汗，里证当下，虚证用补，实证用泻，热证则清，寒证宜温，并根据具体病情进行加减，选方用药，如太阳表证，无汗恶寒者则用麻黄汤，汗出恶风者则为桂枝汤，里热未成实者用白虎汤，实者用承气汤，这种证候进行治疗的临床理论，就是后世所说的辨证论治。
六气学说完善于金元时期刘完素，学术观点多以火热治病论，河间刘完素、张从正强调六气和脏腑之间的相互关系，六气学说对后世温病说学形成具有很大影响。
脏腑学说起源于内经，完善于李东恒，李为张元素弟子，在张氏脏腑病机理论启示下，根据自己临床经验，在素问“土者土生万物”的理论，别开生面提出脾为后天之本，突出了脾胃在疾病中的重要性，侧重于补脾胃之阳，后今叶天士完善，补充脾胃学说乃臻于完善。
温病学说源于清代，最具代表人物有吴又可，叶天士，薛已以及王孟英，具体内容详见，三焦即卫气营血辨证篇。
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