细菌性痢疾(简称菌痢)，临床上以腹痛、腹泻、里急后重、排脓血样大便为主要症状。
急性菌痢属中医“湿热痢”或“疫毒痢”(急性中毒性菌痢)的范畴。常用中药灌肠方药如下：
(1)加味白头翁汤：药用白头翁30克、黄连15克、黄柏10克、秦皮10克、焦山楂30克、白芍15克、广木香10克、陈皮10克、槟榔10克、石榴皮30克，上药加水900毫升，煎取200毫升药液，放置待温，分2次作保留灌肠，早、晚各1次。功能清热解毒，凉血止痢，行气化滞。主治急性菌痢、急性肠炎。
(2)白头翁加味煎：药用白头翁、苦参、银花、黄柏、滑石各60克，上药加水浓煎成200毫升药液，先给患者作清洁灌肠后，再以药液保留灌肠，灌肠后静卧休息，每日1次，连用3次。功能清热利湿解毒。适用于湿热痢、疫毒痢。
(3)三黄锡类液：将黄连15克、黄柏20克、黄芩20克，加水600毫升，煎取药汁150毫升，于药液中加入锡类散1．6克，混匀后作保留灌肠，每日1次。
(4)治痢露：生地榆30克、生侧柏30克，两药浓煎50毫升；分装两只开塞露空管中备用。用法：每日2次，每次2只，保留灌肠。在治疗过程中，配合口服“清暑饮”(配制及用法：佩兰3克、荷叶6克、西瓜翠衣4．5克、冬瓜皮4．5克、忍冬藤4．5克、夏枯草4．5克、御米壳4．5克、芦根9克、干姜1克。煎取500毫升，加赤砂糖30克、香精适量)，一般每日服500～1 000毫升。该法还可应用于夏季泄泻。用黄连水煎液、大蒜浸出液作保留灌肠，亦效。
慢性菌痢其特点有三：
①下痢时发时止，迁延难愈(迁延不愈达两个月以上)。
②临厕腹痛里急，大便夹有黏液或见赤白。
③即使无腹泻时，肠镜检仍可见细菌病变或粪便培养阳性。
下列灌肠方药可酌选：
(1)马尾莲煎：马尾莲、黄芩、黄柏、杭菊、地榆、小蓟各15克，加水煎成200毫升，于每晚睡前作保留灌肠，14～21天为1疗程。
(2)芩柏地榆煎：用黄柏、地榆、黄芩各15克，加水煎至200毫升。每次取煎液100毫升，加入氨水3～4滴(减少药物对肠壁病变的刺激，延长保留时间)，用滴注法作乙状结肠保留灌肠，每日1次，15天为1疗程，一般可望在1～2个疗程治愈。
(3)苦参煎液：用苦参30克，加水500毫升，煎至80毫升，作一次保留灌肠用，每日1次，1周为1疗程。有反复发作趋势之患者，每年6～9三个月，每月各灌1疗程。此法既可用于治疗，又可用于预防，疗效好，无明显副作用。
(4)鸦胆子煎液：用鸦胆子仁20克，加水300毫升，煎取89毫升，保留灌肠，每日1次，连用10天。鸦胆子仁亦可内服，成人每次15粒，每日3次，或以胶囊分装后服，或以龙眼肉包服，饭后服用鸦胆子不但可用于慢性菌痢，还是治阿米巴病之良药。因其苦寒伤胃，口服有一定副作用，故用于灌肠最为适宜。
此外，近年临床用西药灌肠亦每获良效。有报道，用思密达灌肠与口服治急性菌痢有显著疗效。方法：在应用丁胺卡那静滴、补液及维持电解质平衡并对症处理的基础上，再用思密达灌肠。年龄2～12个月，思密达1包；1～2岁，1．5包；2～10岁，2包。溶于30毫升温生理盐水中保留灌肠，每天1次。治疗后多在72小时显效。
其他可选药物有：①0．3％黄连素液加强的松20毫克，每晚1次，保留灌肠。慢性菌痢可连用14～21天。
②0．5％～1％新霉素溶液40毫升，保留灌肠，每天1次。
③磺胺嘧啶(用1日量分2次灌肠)或0．5％卡那霉素亦可应用。
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