迄今为止还没有控制和消灭猪断奶后多系统衰竭综合征及PCV2感染所致其他疾病的有效措施，也没有切实有效的商品化疫苗和药物用来防御PCV2感染。而且PCV2对常规消毒剂抵抗力很强，给猪场的净化工作带来了困难。目前，控制猪断奶后多系统衰竭综合征应采取综合性的控制措施。
(1)改变和完善饲养方式，做到养猪生产各阶段的全进全出，避免将不同日龄的猪混群饲养，从而减少和降低猪群之间PCV2的接触感染机会。
(2)建立猪场完善的生物安全体系，将消毒卫生工作贯穿于养猪生产的各个环节。最大限度地降低猪场内污染的病原微生物，减少或杜绝猪群继发感染的几率。由于PCV2对一般的消毒剂抵抗力强，因此，在消毒剂的选择上应考虑使用广谱的消毒药。
(3)加强猪群的饲养管理，降低猪群的应激因素。很多应激因素都可诱发、促进猪断奶后多系统衰竭综合征的发生和加重发病猪群的病情，导致死亡率上升，因此，应尽可能地减少猪群的应激因素，避免饲喂发霉变质或含有真菌毒素的饲料，做好猪舍的通风换气，改善猪舍的空气质量，降低氨气浓度。保持猪舍干燥，降低猪群的饲养密度。
(4)提高猪群的营养水平。由于PCV2感染可以导致猪群的免疫功能下降，因此，营养是影响猪断奶后多系统衰竭综合征的一个重要因素。通过提高猪群的蛋白质、氨基酸、维生素和微量元素等水平，提高饲料的质量，提高断奶猪的采食量，给仔猪饲喂湿料或粥料，保证仔猪充足的饮水，可以在一定程度上降低猪断奶后多系统衰竭综合征的发生率和造成的损失。
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