R语言文件相关的操作

1. 文件系统介绍

R语言对文件系统的操作，包括文件操作和目录操作，函数API都定义在base包中。

2. 目录操作

2.1 查看目录

查看当前目录下的子目录。

# 启动R程序~ R# 当前的目录> getwd()[1] "/home/conan/R/fs"# 查看当前目录的子目录> list.dirs()[1] "."     "./tmp"

查看当前目录的子目录和文件。

> dir()[1] "readme.txt" "tmp"# 查看指定目录的子目录和文件。> dir(path="/home/conan/R") [1] "A.txt"                             "caTools" [3] "chinaWeather"                      "DemoRJava" [5] "env"                               "FastRWeb" [7] "font"                              "fs" [9] "github"                            "lineprof"[11] "pryr"                              "readme.txt"[13] "RMySQL"                            "RServe"[15] "rstudio-server-0.97.551-amd64.deb" "websockets"[17] "x86_64-pc-linux-gnu-library"# 只列出以字母R开头的子目录或文件> dir(path="/home/conan/R",pattern='^R')[1] "RMySQL" "RServe"# 列出目录下所有的目录和文件，包括隐藏文件，如 .A.txt> dir(path="/home/conan/R",all.files=TRUE) [1] "."                                 ".." [3] ".A.txt"                            "A.txt" [5] "caTools"                           "chinaWeather" [7] "DemoRJava"                         "env" [9] "FastRWeb"                          "font"[11] "fs"                                "github"[13] "lineprof"                          "pryr"[15] "readme.txt"                        "RMySQL"[17] "RServe"                            "rstudio-server-0.97.551-amd64.deb"[19] "websockets"                        "x86_64-pc-linux-gnu-library"

查看当前目录的子目录和文件，同dir()函数。

> list.files()[1] "readme.txt" "tmp"> list.files(".",all.files=TRUE)[1] "."          ".."         "readme.txt" "tmp"

查看完整的目录信息。

# 查看当前目录权限> file.info(".")  size isdir mode               mtime               ctime               atime  uid  gid uname grname. 4096  TRUE  775 2013-11-14 08:40:46 2013-11-14 08:40:46 2013-11-14 08:41:57 1000 1000 conan  conan# 查看指定目录权限> file.info("./tmp")      size isdir mode               mtime               ctime               atime  uid  gid uname grname./tmp 4096  TRUE  775 2013-11-14 14:35:56 2013-11-14 14:35:56 2013-11-14 14:35:56 1000 1000 conan  conan

2.2 创建目录

# 在当前目录下，新建一个目录> dir.create("create")> list.dirs()[1] "."        "./create" "./tmp"

创建一个3级子目录./a1/b2/c3

# 直接创建，出错> dir.create(path="a1/b2/c3")Warning message:In dir.create(path = "a1/b2/c3") :  cannot create dir 'a1/b2/c3', reason 'No such file or directory'# 递归创建，成功> dir.create(path="a1/b2/c3",recursive = TRUE)> list.dirs()[1] "."          "./a1"       "./a1/b2"    "./a1/b2/c3" "./create"  "./tmp"# 通过系统命令查看目录结构> system("tree").├── a1│   └── b2│       └── c3├── create├── readme.txt└── tmp

2.3 检查目录是否存在

# 目录存在> file.exists(".")[1] TRUE> file.exists("./a1/b2")[1] TRUE# 目录不存在> file.exists("./aa")[1] FALSE

2.4 检查目录的权限

检查目录的权限

> df<-dir(full.names = TRUE)# 检查文件或目录是否存在，mode=0> file.access(df, 0) == 0./a1     ./create ./readme.txt        ./tmpTRUE         TRUE         TRUE         TRUE# 检查文件或目录是否可执行，mode=1，目录为可以执行> file.access(df, 1) == 0./a1     ./create ./readme.txt        ./tmpTRUE         TRUE        FALSE         TRUE# 检查文件或目录是否可写，mode=2> file.access(df, 2) == 0./a1     ./create ./readme.txt        ./tmpTRUE         TRUE         TRUE         TRUE# 检查文件或目录是否可读，mode=4> file.access(df, 4) == 0./a1     ./create ./readme.txt        ./tmpTRUE         TRUE         TRUE         TRUE

修改目录权限。

# 修改目录权限，所有用户只读> Sys.chmod("./create", mode = "0555", use_umask = TRUE)# 查看目录完整信息，mode=555>  file.info("./create")         size isdir mode               mtime               ctime               atime  uid  gid uname grname./create 4096  TRUE  555 2013-11-14 08:36:28 2013-11-14 09:07:05 2013-11-14 08:36:39 1000 1000 conan  conan# create目录不可以写> file.access(df, 2) == 0./a1     ./create ./readme.txt        ./tmpTRUE        FALSE         TRUE         TRUE

2.5 对目录重名

# 对tmp目录重命名> file.rename("tmp", "tmp2")[1] TRUE# 查看目录> dir()[1] "a1"         "create"     "readme.txt" "tmp2"

2.6 删除目录

# 删除tmp2目录> unlink("tmp2", recursive = TRUE)# 查看目录> dir()[1] "a1"         "create"     "readme.txt"

2.7 其他功能函数

拼接目录字符串

# 拼接目录字符串> file.path("p1","p2","p3")[1] "p1/p2/p3"> dir(file.path("a1","b2"))[1] "c3"

获取最底层的子目录名

# 当前目录> getwd()[1] "/home/conan/R/fs"# 最底层子目录> dirname("/home/conan/R/fs/readme.txt")[1] "/home/conan/R/fs"# 最底层子目录或文件名> basename(getwd())[1] "fs">  basename("/home/conan/R/fs/readme.txt")[1] "readme.txt"

转换文件扩展路径

# 转换~为用户目录> path.expand("~/foo")[1] "/home/conan/foo"

标准化路径，用来转换win或linux的路径分隔符

# linux> normalizePath(c(R.home(), tempdir()))[1] "/usr/lib/R"      "/tmp/RtmpqNyjPD"# win> normalizePath(c(R.home(), tempdir()))[1] "C:\\Program Files\\R\\R-3.0.1"[2] "C:\\Users\\Administrator\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpMtSnci"

短路径，缩减路径的显示长度，只在win中运行。

# win> shortPathName(c(R.home(), tempdir()))[1] "C:\\PROGRA~1\\R\\R-30~1.1"[2] "C:\\Users\\ADMINI~1\\AppData\\Local\\Temp\\RTMPMT~1"

3. 文件操作

3.1 查看文件

> dir()[1]  "create"  "readme.txt"# 检查文件是否存在> file.exists("readme.txt")[1] TRUE# 文件不存在> file.exists("readme.txt222")[1] FALSE# 查看文件完整信息> file.info("readme.txt")           size isdir mode               mtime               ctime               atime  uid  gid uname grnamereadme.txt    7 FALSE  664 2013-11-14 08:24:50 2013-11-14 08:24:50 2013-11-14 08:24:50 1000 1000 conan  conan# 查看文件访问权限，存在>  file.access("readme.txt",0)readme.txt         0# 不可执行>  file.access("readme.txt",1)readme.txt        -1# 可写>  file.access("readme.txt",2)readme.txt         0# 可读>  file.access("readme.txt",4)readme.txt         0# 查看一个不存在的文件访问权限，不存在> file.access("readme.txt222")readme.txt222           -1

判断是文件还是目录。

# 判断是否是目录> file_test("-d", "readme.txt")[1] FALSE> file_test("-d", "create")[1] TRUE# 判断是否是文件> file_test("-f", "readme.txt")[1] TRUE> file_test("-f", "create")[1] FALSE

3.2 创建文件

# 创建一个空文件 A.txt> file.create("A.txt")[1] TRUE# 创建一个有内容的文件 B.txt> cat("file B\n", file = "B.txt")> dir()[1] "A.txt"      "B.txt"      "create"     "readme.txt"# 打印A.txt> readLines("A.txt")character(0)# 打印B.txt> readLines("B.txt")[1] "file B"

把文件B.txt的内容，合并到 A.txt。

# 合并文件> file.append("A.txt", rep("B.txt", 10)) [1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE# 查看文件内容> readLines("A.txt") [1] "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B"

把文件A.txt复制到文件C.txt

# 复制文件> file.copy("A.txt", "C.txt")[1] TRUE# 查看文件内容> readLines("C.txt") [1] "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B"

3.3 修改文件权限

# 修改文件权限，创建者可读可写可执行，其他人无权限> Sys.chmod("A.txt", mode = "0700", use_umask = TRUE)# 查看文件信息> file.info("A.txt")      size isdir mode               mtime               ctime               atime  uid  gid uname grnameA.txt   70 FALSE  700 2013-11-14 12:55:18 2013-11-14 12:57:39 2013-11-14 12:55:26 1000 1000 conan  conan

3.4 文件重命名

# 给文件A.txt重命名为AA.txt> file.rename("A.txt","AA.txt")[1] TRUE> dir()[1] "AA.txt"     "B.txt"      "create"     "C.txt"      "readme.txt"

3.5 硬连接和软连接

• 硬连接，指通过索引节点来进行连接。在Linux的文件系统中，保存在磁盘分区中的文件不管是什么类型都给它分配一个编号，称为索引节点号(Inode Index)。在Linux中，多个文件名指向同一索引节点是存在的。一般这种连接就是硬连接。硬连接的作用是允许一个文件拥有多个有效路径名，这样用户就可以建立硬连接到重要文件，以防止“误删”的功能。其原因如上所述，因为对应该目录的索引节点有一个以上的连接。只删除一个连接并不影响索引节点本身和其它的连接，只有当最后一个连接被删除后，文件的数据块及目录的连接才会被释放。也就是说，文件真正删除的条件是与之相关的所有硬连接文件均被删除。
• 软连接，也叫符号连接（Symbolic Link）。软链接文件有类似于Windows的快捷方式。它实际上是一个特殊的文件。在符号连接中，文件实际上是一个文本文件，其中包含的有另一文件的位置信息。

硬连接和软连接，只在Linux系统中使用。

# 硬连接> file.link("readme.txt", "hard_link.txt")[1] TRUE# 软连接> file.symlink("readme.txt", "soft_link.txt")[1] TRUE# 查看文件目录> system("ls -l")-rwx------ 1 conan conan   70 Nov 14 12:55 AA.txt-rw-rw-r-- 1 conan conan    7 Nov 14 12:51 B.txtdr-xr-xr-x 2 conan conan 4096 Nov 14 08:36 create-rw-rw-r-- 1 conan conan   70 Nov 14 12:56 C.txt-rw-rw-r-- 2 conan conan    7 Nov 14 08:24 hard_link.txt-rw-rw-r-- 2 conan conan    7 Nov 14 08:24 readme.txtlrwxrwxrwx 1 conan conan   10 Nov 14 13:11 soft_link.txt -> readme.txt

文件hard_link.txt是文件readme.txt硬连接文件，文件soft_link.txt是文件readme.txt软连接文件，

3.5 删除文件

有两个函数可以使用file.remove和unlink，其中unlink函数使用同删除目录操作是一样的。

# 删除文件> file.remove("A.txt", "B.txt", "C.txt")[1] FALSE  TRUE  TRUE# 删除文件> unlink("readme.txt")# 查看目录文件> system("ls -l")total 12-rwx------ 1 conan conan   70 Nov 14 12:55 AA.txtdr-xr-xr-x 2 conan conan 4096 Nov 14 08:36 create-rw-rw-r-- 1 conan conan    7 Nov 14 08:24 hard_link.txtlrwxrwxrwx 1 conan conan   10 Nov 14 13:11 soft_link.txt -> readme.txt# 打印硬连接文件> readLines("hard_link.txt")[1] "file A"# 打印软连接文件，soft_link.txt，由于原文件被删除，有错误> readLines("soft_link.txt")Error in file(con, "r") : cannot open the connectionIn addition: Warning message:In file(con, "r") :  cannot open file 'soft_link.txt': No such file or directory

4. 几个特殊的目录

• R.home() 查看R软件的相关目录
• .Library 查看R核心包的目录
• .Library.site 查看R核心包的目录和root用户安装包目录
• .libPaths() 查看R所有包的存放目录
• system.file() 查看指定包所在的目录

4.1 R.home() 查看R软件的相关目录

# 打印R软件安装目录> R.home()[1] "/usr/lib/R"# 打印R软件bin的目录> R.home(component="bin")[1] "/usr/lib/R/bin"# 打印R软件文件的目录>  R.home(component="doc")[1] "/usr/share/R/doc"

通过系统命令，找到R文件的位置。

# 检查系统中R文件的位置~ whereis RR: /usr/bin/R /etc/R /usr/lib/R /usr/bin/X11/R /usr/local/lib/R /usr/share/R /usr/share/man/man1/R.1.gz# 打印环境变量R_HOME~ echo $R_HOME/usr/lib/R

通过R.home()函数，我们可以很容易的定位R软件的目录。

4.2 R软件的包目录

# 打印核心包的目录> .Library[1] "/usr/lib/R/library"# 打印核心包的目录和root用户安装包目录> .Library.site[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"[3] "/usr/lib/R/library"# 打印所有包的存放目录> .libPaths()[1] "/home/conan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0"[2] "/usr/local/lib/R/site-library"[3] "/usr/lib/R/site-library"[4] "/usr/lib/R/library"

4.3 查看指定包所在的目录

# base包的存放目录> system.file()[1] "/usr/lib/R/library/base"# pryr包的存放目录>  system.file(package = "pryr")[1] "/home/conan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/pryr"

 

REF:

http://blog.fens.me/r-file-folder/