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育苗期或秧田期
水稻幼苗容易受到低温、病虫害的影响，影响发芽率与幼苗素质，一般需要通过种子处理防治病虫害及生理性病害。
水稻立枯病：田间症状主要表现为出苗后秧苗枯萎，容易拔断，茎基部腐烂，有烂梨味，发病较重的整片死亡，病株基部多长有赤色霉状物。在水稻2~3叶期易发生。
苗瘟病：水稻苗瘟发生于秧苗3叶期间，主要由种子带菌引起，病株基部变黑褐色，上部呈黄褐色或淡红色而枯死。
恶苗病：病谷粒播后常不发芽或不能出土。苗期发病病苗比健苗细高，叶片叶鞘细长，叶色淡黄，根系发育不良，部分病苗在移栽前死亡。旱育秧较水育秧发病重。
稻蓟马：体长l～1.3毫米，黑褐色，头近似方形，有明显趋嫩绿稻苗产卵习性，卵散产于叶脉间。秧苗期、分蘖期和幼穗分化期，是蓟马的严重为害期，尤其是晚稻秧田和本田初期受害更重。
防治措施：针对苗期病虫害最有效最经济的方式是通过种子处理进行防治，常用的成分有噻虫嗪、咯菌腈、精甲霜灵、咪鲜胺、恶霉灵等成分。
幼苗期
幼苗期的水稻主要受杂草的危害，在水稻播种后第7~10天会有第一个出草高峰，杂草以稗草、鸭舌草为主，千金子的发生还会晚3天左右;第二出草高峰在播种后第20天左右，以阔叶杂草和莎草为主。
幼苗期的杂草防治，可以通过苗前封闭与苗后茎叶处理。
苗前封闭以30%丙草胺(加安全剂)100毫升处理，注意要在水稻催芽后播种，保证水稻有根系吸收安全剂。
苗后处理针对稗草，可以选择25克/升五氟磺草胺、4%五氟磺草胺·吡嘧磺隆、二氯喹啉酸或者双草醚或27.5%二氯.双草醚，后两者注意使用时期，要在幼苗较大后施药，否则容易产生药害。前两者兼治部分阔叶杂草。
针对千金子：选择10%氰氟草酯水乳剂或者乳油剂型防治，前者更环保。
黑条矮缩病：由南方水稻黑条矮缩病毒引起，其传毒介体主要是白背飞虱。水稻发病后典型表现为植株矮缩、叶色深绿、叶背及茎秆出现条状乳白色或蜡白色，后变深褐色小突起、高位分蘖及茎节部倒生气须根、不抽穗或穗小，结实不良。剑叶或上部叶片可见凹凸的皱折，一蔸中有1根或几根稻株比健株矮1/3左右，半全穗。
水稻感病期主要在分蘖前的苗期，秧苗期和本田初期，拔节以后不易感病。最易感病期为2～6叶期。水稻苗期、分蘖前期感染发病的基本绝收。
防治方法：主要通过防治白背飞虱控制病害发生。用25%噻嗪酮、50%吡蚜酮、80%烯啶·吡蚜酮等进行防治。直播田在播种后7~10天用药。
分蘖期拔节期
纹枯病：又称云纹病。苗期至穗期都可发病。叶鞘染病在近水面处产生暗绿色水浸状边缘模糊小斑，后渐扩大呈椭圆形或云纹形，中部呈灰绿或灰褐色，湿度低时中部呈淡黄或灰白色，中部组织破坏呈半透明状，边缘暗褐。发病严重时数个病斑融合形成大病斑，呈不规则状云纹斑，常致叶片发黄枯死。
防治方法：可以选择240克/升噻呋酰胺或者30%己唑醇，或井冈蜡芽杆菌。噻呋酰胺安全性高，速度快，持效期长。
二化螟：水稻分蘖期，第一代二化螟开始危害水稻。以幼虫为害水稻，初孵幼虫群集叶鞘内为害，造成枯鞘，3龄以后幼虫蛀入稻株内为害，水稻分蘖期造成枯心苗。
防治方法：二化螟的防治注意结合农业防治技术与药剂防治。早春提早灌水翻耕，在化蛹高峰至蛾始盛期，灌水淹没稻桩3～5天，能淹死大部分老熟幼虫和蛹，减少发生基数。当枯鞘丛数达到5%~8%时，可以采用药剂防治，选择内吸性强，持效期长的产品，并配合速效性好的产品，可以到达最佳防治效果。20%氯虫苯甲酰胺建议用量10~15毫升/亩，或者10%阿维菌素·氟虫双酰胺，一般用2~3次，对于抗性强的地区需要组合杀虫单，阿维菌素，阿维菌素·毒死蜱等使用。
大龄禾本科杂草与阔叶杂草和莎草：这时的大龄禾本科杂草主要是稗草和千金子，防治难度大，需要增大五氟磺草胺、氰氟草酯、噁唑酰草胺等产品的用量进行防治。对于大龄阔叶杂草和莎草，可以用灭草松进行防治，对于密度大，草龄大的情况，需要配合2甲4氯或者氯氟吡氧乙酸进行防治，但是要注意2甲4氯需要在水稻拔节之前使用，否则容易产生药害。
孕穗抽穗期
稻飞虱：稻飞虱属于迁飞性害虫，危害水稻的主要有褐飞虱、白背飞虱和灰飞虱三种。危害较重的是褐飞虱和白背飞虱，早稻前期以白背飞虱为主，后期以褐飞虱为主;中晚稻以褐飞虱为主。
防治方法：80%烯啶虫胺·吡蚜酮、50%吡蚜酮、48%毒死蜱、26%吡虫啉·敌敌畏等产品皆可防治，其中80%烯啶·吡蚜酮杀虫谱广，可以防治三种飞虱，击倒速度快，并且持效期长，对稻飞虱的防治效果更稳定。在稻飞虱大爆发的情况下，需要增加药量增加用水量，或者组配一定量的毒死蜱或敌敌畏使用。
稻纵卷叶螟：稻纵卷叶螟是一种迁飞性害虫，以幼虫为害水稻，缀叶成纵苞，躲藏其中取食上表皮及叶肉，仅留白色下表皮。苗期受害影响水稻正常生长，甚至枯死;分蘖期至拔节期受害，分蘖减少，植株缩短，生育期推迟;孕穗后特别是抽穗到齐穗期剑叶被害，影响开花结实，空壳率提高，千粒重下降。
防治方法：5%阿维菌素、10%氯虫苯甲酰胺、10%阿维菌素·氟虫双酰胺、33%甲维毒死蜱等。
二化螟：第二代二化螟开始发生危害，防治方法同分蘖拔节期。
稻瘟病：水稻扬花灌浆期，由于气候条件适宜，水稻很容易发生稻瘟病中最严重的穗颈瘟，发生在水稻穗颈部位。穗颈瘟初期形成褐色小点，扩展后使穗颈部变褐，造成枯白穗。发病晚的造成秕谷，减产严重。分蘖期阴雨连绵形成高湿、低温、寡照的环境，会降低水稻抗病性。抽穗期前后为连雨天气，降雨日多，降雨次数多，形成高湿、低温、寡照条件，有利病菌孢子萌发与侵入，低温寡照条件使穗颈瘟、节瘟、谷粒瘟发生较重。同时施用氮肥过多、过晚，经常冷水灌、深水灌等，会降低水稻抗病力，均可加重病情。
防治方法：穗颈瘟的药剂防治抓住关键生育期，破口5%和齐穗期两次预防。可选用75%三环唑25克/亩、40%富士一号乳油100ml/亩，在破口5%时结合穗颈瘟的预防加5%井冈霉素预防稻曲病。
稻曲病：该病只发生于水稻穗部，为害部分谷粒。受害谷粒内形成菌丝块渐膨大，内外颖裂开，露出淡黄色块状物，后包于内外颖两侧，呈黑绿色，初外包一层薄膜，后破裂，散生墨绿色粉末，有的两侧生黑色扁平菌核。稻曲病产生毒素，污染谷粒，严重降低稻谷的商品性。
防治方法：稻曲病以预防为主，最佳时机一是全田1/3以上茎秆最后一片叶子全部抽出，即俗称“大打包”或者“大肚期”时用药(约距出穗时间7~10天左右)，此时正是病菌的初侵染高峰期;二是破口始穗期，一般提前3~5天用药。用86.2%氧化亚铜或者戊唑醇、井冈霉素，配合三环唑一起使用防治稻瘟病。
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