1.语根学不是古文字学
语根学（rootology）不是古文字学（palaeography）。古文字学研究古文字的起源、演变、传播和应用，其中三种古文字最为重要：苏美尔人楔形字，古代埃及人的“圣书体”，中人的甲骨文。以下对这三种最古老的文字作简单介绍，如果您相详细了解这三种文字，请阅读“世界上最古老的三大文字追根溯源”这篇文章。
（1）楔形字，5500年前，西亚美索不达米亚（“两河流域”，在今天的伊拉克）的苏美尔人创造的象形文字系统。它有意符和音符，音符来自意符。音符越来越多，公元前18世纪的巴比伦楔形字，只用640个基本字，由此组成全部词语。到公元前9 ～ 7世纪的亚述楔形字用570个基本字，只300个是常用的。波斯人的楔形字只用41个楔形符号，4个表意符号（王州国神）。亚历山大灭亡波斯后（前331年）楔形字不再有了。
（2）圣书字，略晚于楔形字，是北非古代埃及5000多年前第一王朝创始的文字。圣书体（或称碑铭体，正规体），也称为埃及象形文字，意符、音符、定符组成。意符是明显的象形字，如圆圈中加一点表示太阳，持弓的人表示军人或军队，鸟展翅表示飞，眼睛下面三条线表示哭，两条腿表示走。音符从意符转化而来，定符规定意义类别。长方形表示天，长方形加一星表示夜，加几条曲线表示下雨。这种字使用了3000年衰亡了。
（3）汉字创造于何时，有待进一步考证。因为现在知道的甲骨文是很成熟的文字，时间是3100年前的事，其前的象形字、指事字、合体字的产生和发展时间，还应当更早一些。中国人传说中的始祖是伏羲和女娲，他们距今大约8000年，伏羲发明了八卦，其时很可能有文字。中国的古老文明对世界的影响已经为世人所知，中国的文字对世界的影响应早更大，对此现在还不清楚。比如汉字与苏美尔文字有没有关系等。
前人曾从古文字推求过语源。清末章太炎作《文始》，取《说文》中的510个独体字和半独体字作为“初文”和“准初文”，从中推求语源。其实，“初文，准初文只是文字造形的基础，，这可以作为构件而产生新字，因此，即使说它是‘根’，也只是‘形根’，不是‘义根’；说它是‘源’，也只是‘字源’，不是‘词源’（陆宗达、王宁《训诂方法论》，中国社会科学出版社，1983年，12页）。”章太炎的研究不能全盘否定，为我们探求语根提供了丰富的经验教训，比如字族里也体现了一些音义变化的规律等，后边还要提到。
2.语根学也不是语源学
语根学不是语源学（etymonology）。传统意义上的语源学是“语言学的一个部门，研究语词的语音和意义的演变，并应用比较语言学的方法考求某个语词的最初的语音和意义（《现代汉语词黄》，1259页）。”这个定义中的关键词是“考求”，由近及远考求出来最初的音义。
美国出版的 The American Heritage Dictionary 对etymonlogy 下的定义是：The origin and historical development of a linguistic form as shown by determining its basic elements, earliest known use, and changes in form and meaning, tracing its transmission from one language to another, identifying its cognates in other languages, and reconstructing its ancestral form where possible.他们的研究方法是由此往前追溯某个词的来源，意义的演变。语源学是追溯语言来源的科学。
欧洲的语源学主要是历史语源学，他们从现丰的语方事实出发进行比较、归纳、整理，提出印欧母语之说，并没有着力说明为什么音义是这样的结合。语源学的研究为我们提供出基础，即词族，我们是在词族的基础上进行系联而建立词汇系统的。
3.语根学是语义发生学
语根学是语言发生学意义上的语源学，是用进化论的观点假说语言最初的形态即音义是什么。语根学研究语言的发生，是根据其它学科特别是人类学的研究成果，构拟出人类最初的语根，最初为什么会有某个音，这个音会表示什么义。语根学研究的语言的发展，是根据人类社会发展史，用演绎的方法，研究人类语方如何从无到有、从低级到高级，慢慢地演变成现在的样子。
过去的各种有关语言起源的假说只假说了起源，即只假说了语言的发生，没有假说语方的发展。河南大学张今先生提出的思想模块假说，即语言起源假说，不仅假说了语言的起源也假说了语言的发展。张先生的假说大意是，先民们发出的每一个声音都表示一定的意义，如表示感情的喜怒哀乐哭笑警告等。这个声音所表示的这个意义，张今先生称为原始动词或原始语结。一个原始语结就可以反映远古人劳动生活和日常生活的一个情景，一幅画面，一个场景，一部动画片短集。从词汇学角度看，在原始语结的意义中，不但包含着某种行为，而且包含着行为主体、客体、方式、工具、时间、地点等。以后，随着人类社会生活的复杂化，随着人类抽象思维能力的增进，人类这种原始的语言已经不能满足人类交际的需要，原始语结开始分化。
我们认为，张今先生的思想模块假说非常绝妙，可以令人信服地用来解释语言的产生和发展。我们可以由此假说猜想原始人的生活以及原始人的语言，即语根，有了根才能生长，长出树干、树枝和枝叶，长成参天大树，由少数语根慢慢地发展成了现在的复杂语言。
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