1、基本原则
公司法以及首发办法规定整体变更是以公司截至基准日审计的净资产折股，余额计入资本公积。那么净资产一般就是实收资本、资本公积、盈余公积和未分配利润。根据相关规则，实收资本和资本公积转增为股份公司，股本不需要缴纳个税，盈余公司和未分配利润需要按照分红标准缴纳个税。
主要的规则依据比较典型的如下：国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知（国税发[1997]198号）、国家税务总局关于盈余公积金转增注册资本征收个人所得税问题的批复（国税函发[1998]333号）、国家税务总局关于原城市信用社在转制为城市合作银行过程中，个人股增值所得应纳个人所得税的批复（国税函[1998]289号）。
首发办法提出整体变更规则的基本法规依据就是公司法的第九十六条：有限责任公司变更为股份有限公司时，折合的实收股本总额不得高于公司净资产额。有限责任公司变更为股份有限公司，为增加资本公开发行股份时，应当依法办理。
2、实践处理原则
个人分红付息需要缴纳个人所得税并没有什么争议，但是整体变更时，股东只是将分红转增为注册资本并没有实际取得现金，根据税收的可行性基本原则，在整体变更时要求股东缴纳个税合法但并不合理。
因此，在实践中除了小部分企业缴纳了个人所得税之外，很多企业采取了缓缴的方式，并且承诺在股东股权转让套现之时缴纳个人所得税。目前，对于个人所得税缓缴的问题，一般有两种基本的方式：一种是当地税务部门已经出具文件明确可以缓缴（比如上海、苏州），这种情况只需要发行人提供公开发布的税务文件就可以了；还有一种是税务部门没有明确缓缴但是可以一事一议，如果发行人能够取得税务部门同意缓缴个人所得税的权威批复文件，股东也可以缓缴。
3、个税计算依据
① 基本标准
由于新公司法规定公司折股数量只要不高于经审计净资产就可以了，因而处于各种考虑（另文讨论），很多发行人在折股时折股比例都比较低，那么就会出现根据什么标准计算个税的问题。
比如：某企业实收资本500万元、资本公积200、盈余公积300、未分配利润500万元。在不考虑其他因素情况下，折股之后股份公司股本可以如下确定：
A股份公司股本同样是500万元，如果整体变更之前有限公司股本足够大，那么股份公司股本可以与有限公司相同，这时候显然股东并没有个税义务。
B股份公司股本为700万元，这个时候就有两种争议的处理方式。第一种有限公司净资产中我先拿实收资本转增股本，然后再拿资本公积转增股本，这样的话就不涉及利润转增股本的情形，因而不存在纳税义务。还有一种理解，那就是除实收资本之外，其他净资产需要统一考虑折股问题，这样的话剩余200万股本就需要在资本公积、盈余公积和未分配利润之间按比例分配，从而个人需要就盈余公积和未分配利润部分缴纳个税。
C股份公司股本为1000万元，这个时候实收资本和资本公积转增股本显然不够，那么注册资本显然是存在纳税义务，不过如同②分析的那样，两种思路同样会存在不同金额的纳税义务。
② 我的观点
小兵认为，上述两种纳税思路可以由纳税人自己选择，只要明确一个最核心也是最关键的问题：没有履行纳税义务的盈余公积和未分配利润不得变动纳税成本，并且要重点关注。
此外，还有一种情形需要探讨：以上述案例为例，如果股份公司整体变更股本就是500万元，剩余净资产计入资本公积，然后再以资本公积转增股本，这个时候个人是否需要缴纳个人所得税。这里有两种观点：第一种不需要缴纳个人所得税，因为这里的资本公积属于整体变更时资本溢价形成的资本公积，资本公积转增股本不需要纳税。第二种认为需要纳税，因为这里的资本公积是盈余公积和未分配利润转化而来，如果这种情形没有纳税义务，那会存在很明显的税务漏洞并且永远不可能再弥补。
小兵同意后一种观点，并且税务部门要对这个问题进行专门研究并且进行类似“穿行测试”的方式对整体变更时盈余公积和未分配利润的结转和变化情况进行监控，并且不因为科目的变动而免除纳税义务。
4、我的观点
① 只有资本溢价形成的资本公积才免税
根据会计准则规定，形成资本公积的会计事项还是很多的，比如资本溢价、接受现金捐赠、拨款转入、外币资本折算差额、可供出售金融资产等。规则规定，只有资本溢价形成的资本公积才能够在转增股本时免税，其他资本公积不行，也就是只有股东出资时超过注册资本的部分才免税。
之所以如此规定，应该有一定的道理，小兵以公司注销时的股东纳税义务做一个说明。公司注销时，股东取得注册资本时时没有纳税义务的，但是取得其他资产时是有纳税义务的，而股本溢价形成的资本公积由于是股东自己投入的，就算是以后转增股本由股东取回没有纳税也不存在税务流失的情形，毕竟只是股东取回自己曾经投入的资产。而如果允许其他资产转增股本也可以免税，那么完全可将全部资本公积全部转增注册资本，而在最后注销时也没有纳税义务，从而规避了这种纳税义务。
尽管如此分析，不过从目前实践来看，在整体变更时，并没有几家企业真正对资本公积的结构和比例金额进行划分，以计算整体变更的税基和个人所得税问题。如果企业除了股本溢价的资本公积并不是很多还好，如果其他资本公积金额很大，这个问题的影响还是比较大的。
② 股份制企业的理解
在转增股本个税的相关规则中，提到了股份制企业的字眼，于是某些地方税务局认为只有股份公司才能够适用相关规则，有限公司并不适用。对此，小兵并不这么认为，而规则中的股份制企业是不是就是特指股份公司尽管除了当事人已经无从考证，不过从基本规则上讲，只是限定股份公司适用规则没有任何的依据和道理。
小兵最后还要建议，既然整体变更涉及的个人所得税问题还有这么多的不明确或者有争议的地方，那么还是希望税务部门能够尽快整理相关规则以及观点，能够出台一个具体详细的适用指引，以真正的解决问题。
5、关于财税〔2015〕116号文件和税总80号公告
小兵对于这两个文件的观点很明确：就是耍流氓！根据前面的分析，如果是股本溢价的资本公积转增股本从税法的基本法理上来讲就不应该缴纳个人所得税。而这两个文件有点不要脸地把不应该缴税的情形纳入缴纳个人所得税的范畴，还从很多方面规定了优惠政策和鼓励措施，还要让纳税人感恩。
关于这两个文件的具体规定，大家应该都已经很熟悉了。这里再简单提示一下：
财税〔2015〕116号文件规定：从2016年1月1日起在全国范围内，中小高新技术企业以未分配利润、盈余和资本公积向个人股东转增股本，个人股东一次缴纳个人所得税确有困难的，可在5年内分期缴纳个人所得税。
鉴于我国现行个人所得税政策对于不同企业的股东取得“股息红利”实行差别化政策，为便于纳税人知晓相关规定，财税〔2015〕116号文件和税总80号公告依法再次明确“个人股东获得转增的股本，应按照利息、股息、红利所得项目，统一适用20%税率征收个人所得税”，同时对于转增股本涉及的个人所得税相关征管事项予以了明细列示：
（1）个人取得上市公司或在全国中小企业股份转让系统挂牌的企业(简称“公开发行和转让市场”)以未分配利润、盈余公积、资本公积(不含以股票发行溢价形成的资本公积转增股本)转增的股本，不适用分期纳税政策，而继续按现行有关股息红利差别化政策执行：持股期限超过1年的，股息红利所得暂免征收个人所得税。持股期限在1个月以内(含)的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额；持股期限在1个月以上至1年(含)的，暂减按50%计入应纳税所得额;
（2）个人取得非“公开发行和转让市场”的中小高新技术企业以未分配利润、盈余公积、资本公积转增的股本，并符合财税〔2015〕116号文件有关规定的，纳税人可分期缴纳个人所得税。
（3）个人从非“公开发行和转让市场”的中小高新技术企业以外的其他企业取得的以未分配利润、盈余公积、资本公积转增的股本，应一次性缴纳个人所得税，实施转增的企业应及时代扣代缴。
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