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对于母、子公司之间的划转问题，其实在目前的企业所得税中有两个文件涉及：
第一个问题是针对母公司和100%的全资子公司之间的划转，涉及到《财政部 国家税务总局关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》（财税〔2014〕109号 ）以及《国家税务总局关于资产（股权）划转企业所得税征管问题的公告》（国家税务总局公告2015年第40号 ）。对于100%母子公司之间划转问题，“财税星空”前几天专门发了一篇付费阅读《消失的划转资产计税基础——100%母子公司之间无偿划转目前千万不要做》（点击阅读），提示出来40号公告针对母公司向全资子公司无偿划转存在的问题。文章发表后，很多人读完还是没有能够完全理解。其实，对于母公司和100%全资子公司之间的特殊关系，有很多问题其实是明晰的：
比如，对于母公司将一幢计税基础500万，公允价值800万的房产，如果有偿划转给全资子公司（即对子公司增资），这个大家都好理解，子公司接受投资，母公司按投资，如果按有偿划转特殊性税务处理备案，母公司对全资子公司增加的股权投资计税基础就是500万。当然，由于是全资子公司，实际上子公司的股权支付金额（即我增资的金额可以是自由决定）
1、500万全部增加全资子公司注册资本
2、200万增加全资子公司注册资本，300万增加全资子公司资本公积-资本溢价
3、1元增加全资子公司注册资本，499万增加全资子公司资本公积-资本溢价
有人认为，只要你对子公司增资那都算增加投资，哪怕最后一种情况，只有1元增加注册资本，则母公司取得子公司股权计税基础还是500万。
那现在的问题就来了，如果连1元都不增加，全部进全资子公司的资本公积-资本溢价，这个就变成捐赠，亦或就变成减资啦。从1到0，就发生了实质性变化，这个就是很多人认识中存在的重大误区了，需要好好琢磨。你不能抛开母公司和全资子公司100%持股关系这个实质去凭现象看问题。
同时，我们又看到，在《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干问题的公告》（国家税务总局公告2014年第29号）中又有一个划转：企业接收股东划入资产（包括股东赠予资产、上市公司在股权分置改革过程中接收原非流通股股东和新非流通股股东赠予的资产、股东放弃本企业的股权，下同），凡合同、协议约定作为资本金（包括资本公积）且在会计上已做实际处理的，不计入企业的收入总额，企业应按公允价值确定该项资产的计税基础。
29号公告着眼解决的是接受划入资产公司的税务处理问题，但这个划转不同于40号公告，他并不强调划出方和划入方必须是100%的关系：
这里，我们假设A公司将其持有的一幢房产，计税基础500万，公允价值800万划入C公司。当然，这里的划入，A公司正常应该按照800-500=300，确认300万的资产转让所得，缴纳企业所得税。
这里，关键来看对C公司的处理，29号公告说了：凡合同、协议约定作为资本金（包括资本公积）且在会计上已做实际处理的，不计入企业的收入总额，企业应按公允价值确定该项资产的计税基础。
文件这里写了，协议约定作为资本金，包括资本公积，那就又存在如下几种情况：
1、800万全部增加C公司注册资本
2、300万增加C公司注册资本，500万增加资本公积-资本溢价
3、1元增加注册资本，799万增加C公司资本公积-资本溢价
4、800万全部增加C公司资本公积-资本溢价
首先，这就有第一个问题，很多人疑惑，在非100%持股关系下，适用29号公告，如果协议约定B划入资产给C公司是作为投资，但属于第4种情况，全部增加资本公积-资本溢价，能否适用29号公告，本质上这个问题和40号公告一样，取决于你对无偿划转的理解了。
第二个问题，不同于母公司与100%全资子公司之间的划转，不管你是增加实收资本，还是不增加实收资本全部进资本公积-资本溢价，还是增加一部分实收资本，其他进全资子公司资本公积-资本溢价，对于母公司而言，套用并购重组理论的一句话，由于是你100%的全资子公司，你不管怎么做，都只是变换了一种资产持有的方式，从直接持有资产变为通过全资子公司间接持有资产。由于是你100%的全资子公司，不管你如何增加实收资本，都不存在任何利益输送和损失的问题。
但是，到了29号公告下的案例，这里就非常要小心了，在非全资子公司条件下，一方股东向非全资子公司划转资产，不同的实收资本增加情况，情况就大为不一样了，就存在潜在的利益输送问题了。
所以，在29号公告的划转条件下，我们除了关注子公司的税务处理之外，实际还要关注，这种划转可能产生所谓的“不公允出资”可能导致的相关税务问题了。
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