改土归流是指明清时期将原来统治少数民族的土司头目废除，改为朝廷中央政府派任流官的政策。这个政策始于明代中后期，目的是为了方便统治阶级进行地方管理，加强中央对西南一些少数民族聚居地区的统治。改土归流”表面上废除了土司制度，推行了流官制度，实质上则是将秦汉以来的郡县制度扩展到周边少数民族地区。
该制度在元朝以前已经存在，唐朝，这种制度达到顶峰。宋时在西南、华南等少数民族地区设置过羁縻府、州，任命当地土著首领为世袭的刺史、知州。元朝后，以宣慰使、宣抚使、安抚使、招讨使、千户、百户等官职封赠各族首领，土官的职类、承袭、贡赋和征发等遂形成一定制度。
1644年明朝灭亡后，明朝宗室在江南建立了南明政权，南明军队主要是由明朝投降清朝的军队组成，数量有数十万。南明的第一任皇帝是福王朱由崧，他的军队主要由明朝将领刘泽清、刘良佐等率领。在南明时期，清军采取了政治和军事手段来打压南明。清军攻占了南明的首都南京，南明被迫迁都到浙江、福建、广东等地。清军长期深陷西南山地战的困境，特别是西南的各个土司部落反复在清廷与南明之间变动，让清廷备感困扰。清军还对南明采取了屠杀和镇压政策，南明的军队也进行了多次抵抗，但最终没有能够抵挡清军的进攻。
顺治十八年（1661年），云贵总督赵廷臣曾上奏：“滇黔田土荒芜，应当赶紧开垦。清朝的改土归流是指清朝雍正时期在西南滇、黔、桂、川、湘、鄂6省实行的废除土司制度，设立流官治理的改革。该政策旨在废除土司世袭制度，设立流官进行统治，推行和内陆相同的地方行政制度。改土归流的实施采取了逐步推进的方式，先进行清查户口、丈量土地、核实赋税等工作，随后废除土司制度，设立流官进行治理。
这一政策的实施对于统一多民族封建国家治理、版图开拓与巩固具有重要意义，同时也推动了西南地区的经济发展和社会进步。改土归流政策的成功得益于清朝前期已经在云南、贵州等省建立了较为稳定的统治，并且对于土司制度的弊端有清醒的认识。同时，清朝政府的执行力较强，能够有效地推行改革措施。在三藩之乱后的八年，西南土司也参与了叛乱。康熙四十三年（1704年），康熙开始着手解决西南土司的问题。他选择了靠近中原的湘西苗人土司采取驻军、屯兵、修边、筑卡等措施，推广儒学，强化治理。成功证明了这是一种可行的做法。
雍正继位后，加大了改土归流力度。鄂尔泰是清朝雍正时期云贵总督，他在任期间积极推动改土归流政策在西南地区的实施。具体来说，鄂尔泰首先向雍正帝申请实行改土归流，随后在军事上采取剿抚并用、恩威并施的策略，成功地解决了西南地区的土司问题。此外，他还推行了一系列其他政策，如丈量土地、核实赋税、发展教育等，促进了西南地区的发展和民族融合。他剿灭云南乌蒙土司、镇雄土司，改设乌蒙府（后改称昭通府，今云南昭通）、镇雄州。彻底击溃滇西土司势力，实现了改土归流。
鄂尔泰
贵州和云南不同，苗患更大，在清朝雍正时期，苗疆开始指代以湖南湘西腊尔山为中心的红苗聚居区和贵州黔东南以雷公山、月亮山为中心的黑苗聚居区。清朝的苗疆所包括的行政区域一直在变化，但其分布在11个省区内。这些区域内的苗族聚居人口数量较多，有上百万人。
苗疆开始指代以湖南湘西腊尔山为中心的红苗聚居区和贵州黔东南以雷公山、月亮山为中心的黑苗聚居区。清朝在贵州特置的“新疆六厅”是清雍正初年，清朝时期的贵州苗疆包括现在的贵州省和湖南省的一部分。武力无法根除，须从根本上治理。鄂尔泰以贵州东南部新开辟的“生苗”地区置，具体包括丹江、都江、八寨、丹寨、 石阡、镇远6厅。经过开发。现代贵州的版图也随之奠定。对于清朝来说，对苗疆的控制和管辖始终是一个重要的任务。为此清朝政府采取了一系列措施，包括设置官员管理苗疆事务、修建道路和驿站、推行汉文化教育等。
大小金川之战局势图
乾隆袭雍正的国策，实现对川边实控。在这种情况下，一些四川土司开始发动叛乱，反抗清朝的统治。其中最大的一起是1745年发生的峨边土司叛乱。为了平定叛乱，清朝政府派遣了大量的军队进行镇压。为确保边疆稳定，挑选清廉官员派往西南地区治理。
又发动小大金川之战，这次战役历时五年、死伤逾万人、耗银7000万两，代价远超过乾隆帝的任何一次武功。乾隆二十四年（1759年），清军彻底平定了大小和卓叛乱，招抚流民戍垦，委派官员，统一了西域。
辛亥革命中唯一被杀的总督：赵尔丰
到清末赵尔丰仍在川边改土归流，在政治方面，赵尔丰废除了土司制度，改为由中央政府直接派官员管理，实现了“改土归流”。他还实行了禁止土司、头人、寺庙放高利贷，严禁炒作买卖土地等措施，同时废除了土司、头人、寺庙的经济特权。
在经济方面，赵尔丰发展了官学，打破了寺庙对于文化教育的垄断，并改善了交通和邮政等方面。在教育方面，他发展了官学，打破了寺庙对于文化教育的垄断。总的来说，赵尔丰在治理川边时采取了一系列措施，推动了川边地区的发展。一度考虑在西藏进行改土归流政策，因故未能实施。
吕思勉
吕思勉是民国时期著名的历史学家，他对清朝的改土归流运动有着很高的评价。根据吕思勉的评价，清朝在改土归流过程中，通过废除土司制度，改为由中央政府直接派官员治理，实现了对西南、新疆等地的有效控制。这一政策强化的中央集权，为今日华夏疆域的奠定打下了基础。吕思勉还称赞清朝在治理川边时，废除了土司、头人、寺庙的经济特权，并发展了官学，打破了寺庙对于文化教育的垄断。
他曾说：“清朝用兵域外，虽不得利，然其在湘西、云、贵、四川各省，则颇能竟前代所未竟之功。”可谓是对改土归流运动最好的诠释。
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