家庭治疗跟婚姻治疗或个人治疗一样，乃是要经历一个大致的程序而进行的。虽然随每个家庭的治疗所需，其程序会有很多变化，但让我们描述一下基本且理想的进行过程，做为实际治疗施行的参考。
早期阶段（开头三至五次的会诊）
⑴对家庭治疗原则的解释，合同的建立：因一般人对家庭治疗尚无认识，在治疗开始时，宜尽早找机会简单说明家庭治疗的原则，使参与的家人有个初步的了解；并且说明治疗上宜遵守的条件及规则，以便能按规则进行。
⑵治疗者的参与及被接受：治疗者要与家人熟悉，并彼此容纳接受，能亲近跟家人谈论，但也保持治疗者宜有的威信，以便发挥治疗者的功效。
⑶问题的寻找及改正方向的建立：经由家人的描述家庭生活情况，过去的背景与经历，目前所面对的困难，并参考治疗者观察家人行为反应所得印象，建立家庭问题的诊断；并与家人研讨治疗改正的方向。
中期阶段（中间五至十次左右的会诊）
⑴具体练习行为与关系的改善：不但继续增加家人对自己家庭问题的认识，及改正的方向，更宜着重心理与行为的更改。由家人相互反应过程中，练习新的适应模式，建立合适的处理方式。
⑵处理阻力，调整全体“系统“的平衡变化：时时处理因更改新行为模式而产生的阻力。
⑶处理及适应一层一层所发觉的问题：因家庭的生活及其问题乃是很复杂的。一样问题发觉且解决之后，随后又发觉问题其后中另有一层次的问题，又得去处理。因此，在治疗工作也得一层一层地继续下去，直到大致的问题都解决之后，才能获得整体的改善效果。
终期阶段（结尾三至五次会诊）
⑴建立自行审查、改进家庭行为的能力与习惯：成功的治疗，乃在治疗结束之后，家人能运用治疗的经验，继续改善自己家庭的情况。因此，在治疗的终期，治疗者宜协助家人，能对立自己审查自己家庭情况的习惯，并养成能自行改进自己家庭问题的能力。
⑵归还领导权及恢复家庭秩序：与上述目的相配合而宜进行的事，乃是把一家的领导权，由治疗者手中逐渐归还给其家庭领导者，让他们去自己执行其功能，恢复原秩序，发挥家庭的功能，能自主、处立，并且能自救。
⑶结尾与分离：对治疗过程做摘要，提示一家人的本身潜在力量，预祝他们自己继续发挥其功能，并与家人作分别的交待，让治疗者退出家庭，结束工作。
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